Overview
本指南作为笔者的处子作，会尽最大的努力考据并向各位展示还原育碧塑造的丝毫不逊色于历史上各代刺客主角们经历的波澜壮阔的现代秘密战。
Chapter 0. 信条
“Tu sei un auditore . Sei un combattente .Percio combatti !”
—— Giovanni Auditore da Firenze
你是个奥迪托雷。你便是个战士。努力拼搏吧！
“To say that nothing is true , is to realize that the foundations of society are fragile , and we must be the shepherds of our own civilization . To say that everything is permitted , is to understand that we are the architects of our actions , and we must live their consequences , whether glorious or tragic .”
—— Ezio Auditore Da Firenze
之所以说万物皆虚，是因为我们必须明白社会的结构是脆弱的，时时可能出现动荡，所以我们必须自己追寻自己的未来而不是被人摆布。之所以说万事皆允，是要理解我们自己决定了自身的行为，因此也要为其造成的后果与影响负起责任。
“Fight with me , and show him what it means to across assassins .”
—— Ezio Auditore Da Firenze
和我并肩而战，让他们看看危害兄弟会是怎样的下场。
“I may never succed . The assassins may struggle another thousand year in vain . But we will not stop .”
—— Connor
我可能永远都不会成功，兄弟会可能在接下来一千年里都继续做着无用功，但我们永不停歇。
“We believe ourselves redeemers , avengers , saviours . We make war on those who oppose us , and they in turn make war on us .We dream of leaving our stamp upon the world…Even as we give our lives in a conflict that will be recorded in history book . All that we do , all that we are , begins and ends with ourselves .”
—— Arno Victor Dorian
我们将自身比作救赎者，复仇者，救世主。我们向一切反对我们的人宣战，也引来他们对我们的仇视。我们都想着能够在世界上留下自己的印记…但是我们为之付诸生命的斗争，却不会被任何史书记载下来。我们所做的一切，我们是怎样的人，伴随着我们出生而诞生，离世而收尾。
“What is a men but the sum of his memories ? We are the stories we live ! The tales we tell our ourselves !”
—— Clay Kaczmarek
我只是我过去的集合罢了，还算得上是人么？我们主宰自己的命运，谱写自己的故事！
Chapter 1. 戴斯蒙.迈尔斯传奇
2012年9月3日，过着平静生活的酒吧服务生戴斯蒙.迈尔斯被Abstergo公司——一家由圣殿骑士组成的跨国制药公司的罗马分部绑架，做为虚拟现实机器Animus的实验品——Animus是一种可以读取”基因记忆”的仪器，通过身为刺客后人的戴斯蒙的DNA可以读取到他祖先的记忆。
Animus计划的主导人沃伦.韦迪克希望直接从戴斯蒙的意识里读取他需要的信息，但是记忆被锁死，未能成功。戴斯蒙坚称自己只是个服务生，但是韦迪克却表示他们知道他身为刺客的背景，逼迫他承认自己曾是一名刺客。韦迪克的助理露西.斯提尔曼告诉戴斯蒙，他们试图获取一段特定的记忆，但是戴斯蒙潜意识妨碍了他们。韦迪克警告戴斯蒙，如果他拒绝合作，他们会让他直接陷入昏迷，再继续他们的工作，最后再杀死他。别无选择情况下，戴斯蒙同意与他们合作。
戴斯蒙出生于位于美国黑山中的刺客藏身处 “农场”，那是一个大约由30人组成的集中式据点，非常类似于马西亚夫，他生下来就注定要在那里被训练成为一个刺客。戴斯蒙为他的双亲严禁他离开刺客而感到沮丧，认为他们过于偏执。16岁时，他终于逃了出来。”我想看到外面的世界。”他告诉露西他并不后悔离开他的父母，在他看来自己只是他们监视的犯人。但在刺客信条:启示录中，他向第16号实验体克莱.卡奇马雷克承认他本来应该对父母多点耐心的。
在离开刺客后，他在外面躲藏了9年，过着低调的生活，最终成为了一个酒吧服务生。为了避免被圣殿骑士察觉，戴斯蒙从未使用过自己的真名，而且只用现金购买物品。但是由于需要指纹记录的摩托车驾照，他最终还是暴露了身份，被带往Abstergo公司罗马分部。
连续几天在韦迪克的监视下，戴斯蒙被迫探索了他的祖先阿泰尔.伊本.拉阿哈德，一名生活在第三次十字军东征时期的刺客的记忆，特别是在1191年前后的记忆。但在晚上，他私自进入实验室浏览Animus终端。借由从沃伦•韦迪克那里偷来的密码笔，他也浏览了韦迪克的私人电脑。
通过电脑中的邮件戴斯蒙了解到第16号实验体因为长时间处于Animus中导致自身出现了”出血效应”，以及部分外面的消息。最终，在露西的协助下，刺客得知了戴斯蒙被囚禁的消息，试图来营救他，但并未成功。
韦迪克宣称那些刺客已经是最后的幸存者，他们在沙漠中的据点早些时候已经被摧毁了。露西却告诉了他不同的消息。当戴斯蒙向露西询问自己双亲情况时，露西表示她并不清楚，但是他们可能已经逃走了。在对话中露西暗中向他表示自己同样是刺客。
2012年9月9日下午，戴斯蒙最终达成了韦迪克的目标，找到了其它伊甸碎片的所在地。Abstergo公司的上层意图处死戴斯蒙，而露西的提议救了他一命，她建议留下戴斯蒙，以便有必要时可以再次浏览他的记忆。
在公司上层离开后，戴斯蒙突然发现自己已经可以使用”鹰眼”，就像他的祖先阿泰尔一样。他看到了露西和韦迪克的不同立场，还有实验室地面与墙上无数潦草的信息和字谜。
2012年9月9日下午6点，露西突然出现，并命令戴斯蒙赶在Abstergo公司发现她的所作前尽快进入Animus。戴斯蒙相当困惑，不过还是照办了。他进入了Animus经历了他另一位祖先艾吉奥.奥迪托雷.达.佛罗伦萨的出生——他是戴斯蒙与第16号实验体共同的祖先。随后两人一同逃离Abstergo公司罗马分部。
到达藏身处后，戴斯蒙被介绍给另外两位刺客肖恩.黑斯廷斯和瑞贝卡.科瑞恩。露西告诉戴斯蒙，他们希望他重新成为刺客的一员，借助“出血效应”恢复他的刺杀技巧，追随另一位祖先艾吉奥的经历。戴斯蒙同意后进入了肖恩改进过的Animus 2.0。
通过艾吉奥的记忆，戴斯蒙他们了解到艾吉奥的敌人，圣殿骑士领袖罗德里格.博尔吉亚，在1492年成为教皇了亚历山大六世，他已经获得了另外一块伊甸碎片”权杖”以及知晓了梵蒂冈教廷地下墓室存在的秘密。
随后戴斯蒙与刺客们还原了艾吉奥在梵蒂冈教廷地下墓室里的经历。艾吉奥发现自己面对着一位自称为“密涅瓦”的女子的全息图，密涅瓦警告了刺客们关于世界的末日，并告知了他们”先行者”和人类祖先间发生过的战争。令人震惊的是，密涅瓦说出了戴斯蒙的名字，这令艾吉奥更为困惑，密涅瓦竟然是在通过艾吉奥与戴斯蒙对话。戴斯蒙退出Animus后，看到其他三人正忙着收拾行李，韦迪克已经发现了他们的所在地，带领圣殿骑士企图夺回戴斯蒙。四名刺客开始向北方撤退，戴斯蒙再次进入Animus继续搜索有用的记忆，其他刺客们则开始讨论起关于密涅瓦的话题。
在圣殿骑士袭击了他们所在的藏身处后，刺客们开始启程前往蒙泰尔吉欧尼，那是他们在意大利最后的安全屋。鉴于圣殿骑士正借由电信信号塔来搜捕他们，他们被迫落脚在奥迪托雷庄园地下的圣堂中。当他们进入圣堂，戴斯蒙看到了艾吉奥的另一个幻影，艾吉奥似乎在年老后又来过这里。在打开马里奥.奥迪托雷书房的密门时，戴斯蒙注意到墙上写着一些数字“1419、1420、1421…”，并告诉了其他刺客。肖恩推断那些是日期，不过他还需要做更多调查。他们安顿下来后，戴斯蒙开始继续他在Animus的进程。
在戴斯蒙穿越天坛圣母堂，寻找隐藏的神殿时，自称“朱诺”的先行者女子曾经四次以全息影像的形式出现在他面前。但戴斯蒙的同伴都没有发觉朱诺的存在。
朱诺对戴斯蒙谈起第一文明和神殿，并且再次阐释了密涅瓦曾经于1499年给予艾吉奥的警告，而她的语气明显对人类抱有敌意。将人类称作无知者的朱诺讲到了第一文明和人类血脉的融合——戴斯蒙也继承了这融合后的血脉——并且愤怒地表示他们本应放弃人类，任其自生自灭。
离开Animus的戴斯蒙与露西三人进入古罗马斗兽场下的神殿，即将得到伊甸苹果时，朱诺再次出现，她声称“最终的旅程”已经开启，一名女性会与他同行，但在此之前，道路必须被开拓，天平必须得到平衡。随后，朱诺无情地通过苹果控制了戴斯蒙，让他看到了露西不可避免的背叛，以及“Abstergo之眼”灾难性的发射失败。她强行控制戴斯蒙用袖剑刺杀了露西，保证伊甸苹果留在戴斯蒙手中。戴斯蒙因为朱诺的控制而休克后，他被父亲威廉•迈尔斯和意大利兄弟会的哈兰•T•坎宁安重新放入Animus。在这段记忆里，艾吉奥的DNA激活了一组留给戴斯蒙的坐标。在再次追溯了记忆后，戴斯蒙的精神情况恶化，陷入了昏迷。
睁开眼睛后的戴斯蒙发现自己进入了Animus的安全模式——Animus之岛，遇见了第16号实验体所制造的AI。从16号编写的资料库中，戴斯蒙了解到16号的真名克莱•卡奇马雷克。Abstergo公司为了获取基因记忆而绑架了克莱，在韦迪克的严密监控下，克莱长时间地使用Animus，从而导致他遭受 “出血效应”。
通过“出血效应”，克莱开始在Animus外探索他的记忆，与此同时，朱诺接近了克莱，并告诉他自己的身份，表示自己是来为他“指明道路”的。不久后，克莱便已能够看到“逝去之事”和“将至之事”。
朱诺向克莱揭示了他的使命，要求他帮助戴斯蒙。克莱的回应则是愤然拒绝，而朱诺只是说她的讯息已经等待了上千年，其中承诺终将兑现。当克莱看到露西为圣殿骑士效忠的事实时，他接受了朱诺的请求并最终自杀。临死前，他把自己的意识储存在了Animus中，并用自己的血在Abstergo罗马分部实验室的墙上写下了信息和字谜。在戴斯蒙被困在Animus之岛时，克莱的AI出现在他面前并提供了帮助。通过16号的帮助，戴斯蒙继续探索祖先的经历以制作同步核心，分离自己和阿泰尔以及艾吉奥的记忆。
随着意识逐渐清晰，戴斯蒙脑海中越来越频繁的听到阿泰尔最后的记忆以及与艾吉奥的”对话”，在第一文明先行者告诫并让他寻找大神殿，挽救人类的未来后。戴斯蒙最终完成同步，并从Animus中醒来，此时刺客一行人也已经抵达大神殿外。
进入神殿的时候，戴斯蒙受到影响，出现了“出血效应”，进入了祖先海尔森.肯威的记忆，并开始寻找打开神殿大门的钥匙——玉佩的下落。中途，记忆的读取切换成了了海尔森之子——康纳。通过对康纳经历的探索，戴斯蒙也了解了进入大神殿钥匙的确切埋藏地点。
肖恩定位了继续探索记忆必须的能量源的位置，于是戴斯蒙先后前往曼哈顿、巴西寻找，并两次与丹尼尔.克洛斯——一名叛变的刺客发生遭遇战，最后逃脱。
回到神殿后，戴斯蒙继续读取康纳的记忆，而威廉则前往埃及寻找最后一块能量源，但被圣殿骑士抓捕。于是戴斯蒙只身前往Abstrgo旧金山总部用伊甸苹果交涉，谈判期间利用苹果的控制能力，杀死了克洛斯和韦迪克，救出父亲返回神殿。
神殿的最深处，是朱诺的囚笼，她要求戴斯蒙启动“眼”之基座避免末日并释放她，代价是戴斯蒙死亡。密涅瓦此时现身阻止，戴斯蒙从密涅瓦处了解到如果不释放朱诺，人类会重蹈第一文明的覆辙，世界将遭到太阳耀斑的毁灭，但戴斯蒙可以带领幸存者重建家园，最后被称为神，后人以此来展开新一轮的思想统治。戴斯蒙痛苦地认为密涅瓦所说与自己追求的自由截然不同，思虑后戴斯蒙选择让父亲等人离开并牺牲自己，释放了朱诺。
2012年12月21日晚0点7分，纽约大神殿，世界被拯救，威廉.迈尔斯小队对外陷入沉默状态。
2012年12月23日晚0点30分，戴斯蒙的尸体被Abstergo样本回收第三小队发现于大神殿深处，他的右手严重烧伤。
“就在过去短短的几个月里，我的人生被完全地改变了。我知道那种无拘无束的生活已经不再，但至少现在，我不想再回到那种生活中。我的名字叫戴斯蒙.迈尔斯，我是一名刺客。”
Chapter 2. 自由之刃割裂秩序 1
时间回溯到1977年，世界正处于冷战的铁幕下，和平摇摇欲坠。生活在俄罗斯科学院提供的设施进行科学研究的年轻兄弟会成员梅杰娅.谢尔盖耶夫娜.沃罗宁娜为了实验测试而在莫斯科动物园偷窃动物时目睹了一名被圣殿骑士追踪的人，并出手干预。在杀死了这些圣殿骑士后，她惊讶地发现圣殿骑士的猎物是一名叫做威廉.迈尔斯的美国刺客。作为感谢，威廉将一份从Abstergo公司盗取出的蓝图送给了梅杰娅，并请求她比圣殿骑士更早的制作出这台设备。随后梅杰娅对威廉允诺以便了解项目进展。
当威廉离开的时候，她问威廉如何取得联系。威廉告诉她，如果需要的话，满月时分，他们会用当前位置，即动物园新旧园区间的人行天桥来作为联络地点。梅杰娅问他是怎么知道她在那儿的，威廉透露还有其他刺客在城里，令人惊讶的是，俄罗斯刺客们谁都没有意识到这点。在这段简短的会面后，威廉就离开了。
梅杰娅无法理解她为何被要求制造这个设备，由于苏联解体后的资源匮乏，尽管过了十多年，她和伙伴们仍然对Animus知之甚少，少数的几个项目尝试也被视为疯子的做派。因此，她的大多数刺客同伴们并未目睹项目的使用，只是希望将其武器化或者放弃它。因为不想有更多的受害者，梅杰娅决定成为唯一的实验体，她的神志也因为“出血效应”而逐渐不清。
1987年，威廉和他的妻子生活在一处名叫“农场”的藏身处，位于南达科他州黑山地区，拉皮德城外某地。威廉的儿子戴斯蒙在这个藏身处里出生、长大，和大约三十名刺客一同生活在这里。威廉负责训练年轻的新成员，其中最有名的就是他自己的儿子，还有克莱.卡奇马雷克和露西.斯提尔曼。当露西17岁的时候，他决定让她在组织之外继续成长。这是为了确保能切断她与刺客的所有联系，从而能轻易地潜入Abstergo公司。但这个计划失败了，随着露西慢慢开始不信任威廉，她最终背叛了刺客，因为她确信自己已经被组织抛弃了。
威廉也对戴斯蒙进行了大量的训练，向他强调谨慎小心的重要性，以及在任何时候都要准备好面对圣殿骑士发动的攻击。
由于英国出生的原因，肖恩.黑斯廷斯从很小的时候开始就对阴谋论和未解事物感兴趣。尽管他最初并没有意识到现代刺客和圣殿骑士的存在，他仍然注意到一家名叫Abstergo的公司，认为他们“没做好事”，并决定调查他们。
他尽可能地挖掘了很多关于Abstergo从事不法活动的情报，身为青年教授的肖恩化名“盖伊•福克斯1605年英国国会爆炸案主谋之一”开始发布自己所发现的信息。他通过维基解密和其他新闻团体，公开详细介绍了Abstergo内部运作的文档，提供“故事”让人们搜索，当然，他并没有意识到圣殿骑士们正设法让他闭嘴。
瑞贝卡.科瑞恩是一位普鲁士雇佣兵的后裔，她也不是生来就属于刺客兄弟会，与大多数人一样是被招募的，她认为她的祖先远不如她的朋友戴斯蒙有趣。在加入刺客前，瑞贝卡从事过包括极板滑雪和跳伞在内的极限运动。然而，当她腿部骨折后，她在康复期间开始对电脑感兴趣，并发现编程和她以前的爱好一样有趣。
第一个提醒肖恩将自己置于危险境地正是瑞贝卡，她警告他已经“惹了不该惹的人”。然而肖恩不以为意，最终Abstergo的首席执行官艾伦.里金发现了他的行踪。
2010年12月10日，肖恩被Abstergo绑架。所幸的是，押送他的面包车的电脑已经被黑客入侵，一个虚假的警报让车子停下加油，肖恩在他被押往Abstergo的途中逃离，这次行动由瑞贝卡一手策划。
瑞贝卡随后再次与肖恩取得联系，并招募他加入了刺客。
2016年，肖恩潜入了马德里的Abstergo设施，偷走了Animus 4.3的蓝图和处理器，瑞贝卡后来用它来制造一个新的升级版Animus，尽管她不得不禁用它的顶叶抑制器。
1998年费城一所酒吧外，正要离开的汉娜.米勒注意到一个醉汉在说奇怪的话语，并听到了“圣殿骑士”这个名词。她跟着看到了受“出血效应”影响的丹尼尔.克洛斯呵斥一名路人是圣殿骑士并准备用刀杀死他，便相信他也是一名刺客。汉娜出手干预，责备他轻易暴露自己，并把他扶到车的后座。开往藏身处的时候，她透露道自己是个刺客。
第二天早上，汉娜叫醒了在她小屋中睡着的丹尼尔，并告诉他自己无法从任何名单中找到他的名字，而丹尼尔也不知道她在说些什么。她将丹尼尔带往藏身处主管保罗•贝拉米处，后者发现了丹尼尔手臂上的刺客纹身。
当三人对话期间，丹尼尔突然又受到出血效应影响，并用基因记忆中祖先所用的俄语说话，保罗说他提到了“通古斯”。保尔联系了威廉，请威廉帮忙查找关于一个名叫丹尼尔•克洛斯的人的信息，他们猜测他曾是一名刺客。
晚上，汉娜进入了丹尼尔的小屋后发现他很紧张，并向她表达了对自己神志的担忧，恳求汉娜和他一同到公寓里去取药。汉娜不情愿地答应了，并递给他一件带兜帽的刺客衫来让他可以在离开藏身处时混入其他刺客们。
汉娜忍不住抱怨眼前丹尼尔肮脏的公寓，丹尼尔却默默地在橱柜中翻找他的药物，当他发现药物都被用光后，汉娜试图安慰他说如果他能展示内心的事物，刺客可以帮助他。她告诉丹尼尔关于她与刺客的历史，以及他们的导师准备让阿尔.戈尔来赢得那年的总统大选。丹尼尔注意到在他的幻象中有一个奇形怪状的物体，并将它画在了窗户的雾气上。汉娜很快意识到这是一个伊甸权杖的形状。突然保罗闯进了公寓，告诉他们他联络了威廉•迈尔斯，并得出了丹尼尔是参与了通古斯大爆炸的刺客尼古拉•奥列诺夫的后裔。这时，丹尼尔受尼古拉另一个记忆的“出血效应”影响，跃出窗口冲上了了楼顶。
保罗与汉娜想阻止他，他们追逐丹尼尔直到他最后瘫倒在临近建筑的楼顶。汉娜将丹尼尔抱在怀中时，他意识到了自己的目的，他必须找到导师。
在接下来的两年中，丹尼尔造访了世界各地的刺客藏身处劝说他们自己对兄弟会的作用以及希望获得他们的支持与引导。一路上，汉娜一直在身边陪伴他直到2000年11月丹尼尔被介绍给刺客导师。几个月后，丹尼尔在获得了导师的仪式袖剑后，脑中的神经冲动被激活，他身不由己地刺杀了导师。这个应激反应是Abstergo公司在他幼年时秘密植入脑部的。这名圣殿骑士“沉睡者”特工还泄露了他在旅行期间曾造访过的所有刺客藏身处的位置，导致圣殿骑士开始了一场“大清洗”，意图彻底摧毁刺客兄弟会，不过“农场”安然无恙地避过了这次危机。
一段时间后，汉娜回到费城藏身处。保罗向她透露丹尼尔杀死了导师，并坦言了他效忠圣殿的事实。由于丹尼尔知道所费城藏身处的位置，他们已经处于极度危险中，必须撤离。汉娜震惊地站着，不相信丹尼尔所做的事情。
汉娜成功躲过了大清洗，在接下来的几年中继续为刺客提供信息技术支持。在工作中，她和技术员新人瑞贝卡.科瑞恩成为了好朋友。
2011年，丹尼尔领导的圣殿骑士对汉娜所在的藏身处发动了突袭。汉娜自愿留下为其他刺客争取撤离的时间，并试图劝说丹尼尔希望能让他回到从前。然而，她的尝试失败了，并被丹尼尔残忍杀害。
2015年， 肖恩.黑斯廷斯与瑞贝卡在伦敦的行动中使用一个名叫“汉娜”的无人摄影机，以纪念他们逝去的挚交。
2001年10月7日，被激怒的美国政府在全世界范围内发动了反恐战争。同月，威廉.迈尔斯命令埃曼努埃尔.巴拉萨寻找圣殿骑士于此背后的踪迹。埃曼努埃尔曾在军中服役，他在他的狗牌上烧了一个刺客徽记，以展示他对组织的热忱，被同伴们亲切地称为“曼尼”。也因此埃曼努埃尔被威廉.迈尔斯委派寻找一名在反恐战争中出现的圣殿骑士。然而，他却发现了一辆满载着孩子的巴士，孩子们的胸口绑着炸药，这辆车将被阻挠和平谈判。
两害相权取其轻，埃曼努埃尔被迫杀死了绑着炸弹的孩子们，以破坏信条的第一原则——不滥杀无辜——为代价，去确保和平谈判的成功。然而，这件事让埃曼努埃尔的情绪产生了极大的波动，他发誓绝不再夺走任何人的生命，尽管他仍会继续为刺客效力，保管武器和训练他的刺客同伴。埃曼努埃尔最终被指派登上阿泰尔Ⅱ号，由刺客导师盖文.班克斯直接指挥，这个举动让埃曼努埃尔颇有微词，认为威廉“把他甩到一边给了盖文”。
2012年，加拿大刺客珍妮丝从警方手中救下了因闯入乔治王子市的供水中心偷取新氟化物的样品而被逮捕的环保主义者苏珊.德雷顿。珍妮丝说服了苏珊加入刺客，她告诉苏珊刺客与自然有着紧密联系。
之后，苏珊试着偷到了一艘船，即阿泰尔Ⅱ号，以来抓捕日本捕鲸船，而盖文.班克斯也打算夺取阿泰尔Ⅱ号并将其作为刺客的联络中继站，但是他不会开船。幸运的是，他遇见了同样想要偷走船只的苏珊，苏珊与盖文一起行动，由她担任船长。
埃里克.库珀来自苏格兰，他与一场因歧视而发动的袭击有着密切关联，在经过缜密而血腥的追杀后，一个应为此事负责的团体在爱丁堡被屠戮殆尽，随后埃里克决定结束自己的生命，但被盖文劝阻并加入了刺客，使他的人生有了新的目标。
在成为阿泰尔Ⅱ号上的船员后，由于需要定期稳定体内的激素，他与船医斯蒂芬妮.赵博士成为了好友，而与埃米特.利里则是悠闲自然之故，在与威廉.迈尔斯的谈话中表示他计划有朝一日能在苏格兰过上正常人的生活，因此埃米特帮助他关注故国中能帮助他回去的事情。
斯蒂芬妮.赵的父母是在北京工作的药理学家，她自生下来便被父母详细安排好了未来的人生，为父母的期望而努力学习。成为医生以继承家族的事业，按照规划她进入了一所由Abstergo公司建立的大学，并拿到了医学、生物学以及化学学位，担任博士后并从事技术研究工作。然而，斯蒂芬妮认为父母要求其继承家族事业的想法很无聊，她想自己选择全新的未来。于是她渐渐偏离了原来的研究开始专注于信息安全以及网络科学。但她觉得为Abstergo工作会有一个很不错的前景，因为他们在医药学上有更多的前沿技术。
但在斯蒂芬妮发现她负负责研究的新氟化物危害了不少中国民众后，一切开始改变了，但Abstergo从未因此被审查或逮捕过。自责与恐慌中她逃到了香港，一路上被Abstergo的特工追踪，在这里她遇到了盖文与苏珊，她被两人营救上船并加入了刺客。
埃米特.利里曾是“代理计划”的软件工程师，研究读取基因技术。在项目失败后，沃伦.韦迪克邀请其加入Animus计划，埃米特婉拒了，因其坚定地相信韦迪克疯了。一段时间后，他选择了离开Abstergo并拿到了一份可观的辞职金，只要他保证不说出秘密便能够安全。尽管如此，埃米特变得疑神疑鬼，认为Abstergo无时无刻不在监视自己，导致他开始记下他所知的一切内幕。
果然，埃米特的怀疑成真了，Abstergo的特工前来让他“闭嘴”，而盖文抢在他们之前于半夜赶到，从圣殿骑士手中救出了埃米特。埃米特事后回忆起时表示，自己当时急切地想要离开以至于问都没问就只穿着一条内裤和盖文逃亡了。随后埃米特已死的消息传出，他只好选择追随盖文并贡献自己的力量。
诺达尔.尼尼兹是一名相扑手，但由于政治斗争与腐败令其退出并放弃了这一运动。在回到家乡后，他发现自己的弟弟阿卡基正投身于车臣战争中。诺达尔认为这场战争背后有一个巨大的黑幕，盖文在救下二人后告知黑幕背后还有更大的黑幕——圣殿骑士。
阿卡基.尼尼兹与他的兄弟诺达尔于格鲁吉亚长大，此时这个多灾多难的国家正陷入无休止的战争中，阿卡基受这些灾难刺激，以及发现刺客于俄罗斯、叙利亚及土耳其等国所遗留的巨大影响力。遂将自己伪装成一个不存在的刺客兄弟会的导师，试图通过这一手段干预战争以终结它们使得格鲁吉亚走向和平。
最初他与他那些志同道合的同伴们对敌人发起了攻击以使对方产生恐惧，却在当地获得了凶狠残忍等不好的名声。阿卡基的“兄弟会”最终被圣殿骑士发现并在多条战线遭到全面打击。幸运的是盖文到达这一地区并救出了幸存者，将他们带到潘基锡大峡谷隐藏起来。盖文向这些自由战士们讲述了关于了刺客—圣殿骑士长达上千年的秘密战争。在得知真相后，兄弟二人受到鼓舞，从而加入了阿泰尔Ⅱ号上的盖文小队，继续与比他们家园所面对的要大的多的困难战斗，同时留下了一个全新且真正的格鲁吉亚兄弟会。
2012年9月10日，一名在澳大利亚布里斯班的刺客用公用电话与他联络。联络者告诉盖文他与小队失去联系已有三天了，他们曾尝试过发送报告但全部失败。当盖文命令他立即逃离当前所在的区域时，信号中断了。不久后，盖文确认布里斯班小队已全军覆没。
2012年9月12日，珍妮丝呼叫盖文.班克斯请求支援，她的小队中只剩下两名队员了。盖文正准备答复的瞬间，她听到了屋外的枪声与同伴的呼喊，于是便跑出去支援，但被由丹尼尔所率领的圣殿骑士拦截并射杀。
几周后，10月5日，盖文接到威廉.迈尔斯的手机来电。在通话中盖文向他汇报了布里斯班、大阪及莫斯科三个地区的刺客小队的活动情况，在通话末尾，身处意大利的威廉快速讲述了会使刺客们看到胜机的新进展。
2012年10月24日，盖文收到了一条来自阿德里亚诺.马埃斯特兰齐的加密邮件，他指示盖文前往美国纽约州与威廉小队碰头。两天后，盖文与威廉等人在纽约州锡拉丘兹市飞机场会面并提供了假证件以保证威廉等人安全通过海关检查。
此后盖文和同伴们开始周游美国，希望以此将圣殿骑士的注意力从威廉他们身上转移。2012年11月2日，盖文在俄克拉荷马州斯蒂尔沃特发了封邮件给威廉，告诉他圣殿骑士已经失去了他们的踪迹。第二天，他在路易斯安那州新奥尔良向威廉报告了意大利兄弟会的最新情况。
2012年12月4日6点4分，盖文和他的小队成员在巴西维多利亚湾接应了威廉等人。两天后的2点32分。盖文刚离开巴西抵达南亚特兰大海时，他收到了威廉的来信。信中他表达了对盖文的感谢，说他们已安全回到大神殿并且没有圣殿骑士跟踪到他们。同日，盖文给威廉发邮件告诉他刺客们查出了袭击意大利兄弟会的圣殿骑士的队长，尤哈尼.奥托.伯格，原芬兰特种兵，退役后成为雇佣兵，后来加入了Abstergo。盖文认为伯格对他们来说是个很大的威胁，但是阿德里亚诺在死前成功的震慑了他。威廉回复感谢盖文的提醒，表示他们会留意此人。
2012年12月19日21点12分，盖文接到了哈兰.T.坎宁安的来电，他是意达利兄弟会唯一的幸存者，现在正安全地待在奥地利维也纳的安全屋内，同时哈兰表达了对阿德里亚诺之死的悲伤与愤怒。盖文让他宽心，阿德里亚诺的牺牲不是他的错，随后让他前往鹿特丹等待盖文的进一步指示。而后哈兰说他会做好复仇的准备，盖文告诉他试着放松，等待时机到来。
2012年12月20日18点13分，盖文收到威廉来信说他们已经找到了大神殿钥匙并将返回开启，盖文祝贺了他们并说将转告其他刺客。
威廉和他的小队打开了大神殿并成功地阻止了第二次灾难，但却以牺牲戴斯蒙的生命和释放朱诺为代价。此后盖文一直无法与他们取得联络，直到2013年5月14日，他收到了肖恩.黑斯延斯的加密邮件，肖恩让他们去秘鲁接他和瑞贝卡。盖文与队员航行来到目的地，与肖恩二人在2013年5月21日会面。见面后，肖恩将威廉写的一封信与一本书交给了盖文。
信中威廉告诉盖文他离开了兄弟会，但他已将他所知的所有情报写在了书中，希望能以此来让盖文顺利接任导师的职务，领导和重建兄弟会。在信的末尾，他对于离开兄弟会的态度十分坚决。
2013年5月24日，肖恩问盖文威廉走后他们将做什么，但此时的盖文思绪混乱，没有回答他的问题。在整理了当前的情况和经过思考后，他想到了下一步计划，但如果让肖恩去做的这件事失败了，圣殿骑士就有可能定位到他们。当肖恩再次问起时，他表示他们将有事要去做了。
几天后，阿泰尔Ⅱ号调头向北航行。2013年5月29日，他们到达美国加利福尼亚州，在此停靠时他询问肖恩与瑞贝卡是否愿意成为他在北美的耳目以让他随时掌握圣殿骑士的动向，两人毫不犹豫地同意了。2013年8月27日，瑞贝卡在美国俄克拉何马州发了封邮件给盖文，说她和肖恩准备找到被Abstergo所带走的戴斯蒙遗体的确切位置。2013年9月13日，瑞贝卡再次发送邮件表示了对Abstergo最近一件事的担忧：他们拨出了大量资源投入到了分公司Abstergo娱乐中。
Chapter 2. 自由之刃割裂秩序 2
2012年9月5日，意大利兄弟会的负责人阿德里亚诺.马埃斯特兰齐电话联系了他们的领导人威廉.迈尔斯，此前阿德里亚诺已经追踪到了威廉的儿子戴斯蒙，而戴斯蒙已经被圣殿骑士带到了罗马。阿德里亚诺提议，他有一支可用的小队，不过威廉马上阻止了他，威廉确信他在Abstergo公司里安插的间谍会保护戴斯蒙的安全。
2012年9月14日，阿德里亚诺给威廉发送了一封电子邮件，通知他驻扎在加拿大小镇惠斯勒的刺客小队仅有一名幸存者，这个小队的其他成员包括队长珍妮丝在内都已在9月12日战死。根据这封被阿德里亚诺伪装成商务的信件，幸存者“离开了惠斯勒，因为他不想被‘埋’在那边的尘土里，就像他的同伴那样。”
三天后阿德里亚诺再次给威廉发送了电子邮件，向他更新了情报：幸存者对领导圣殿骑士攻击惠斯勒的人的描述，与“那个欺骗了保罗的家伙，大约12年前的人”情况相符，阿德里亚诺希望能在第二天与这位幸存者会面时了解更多信息。9月19日，阿德里亚诺收到了一封来自威廉的电子邮件，得知露西小队已经转入地下，如果他得到任何消息的话，需要立即给威廉打电话。
威廉随后前往了欧洲，阿德里亚诺一直从哈兰.T.坎宁安那里获得威廉的信息。当威廉于10月4日抵达佛罗伦萨藏身地时，阿德里亚诺将所发生的情况全部告诉了他，同时还向威廉打趣他的健康大有改善，感觉自己仿佛年轻了20岁。
在朱诺控制戴斯蒙杀死了露西后，威廉接管了露西的小队，他离开后，阿德里亚诺一直与小队保持联系，直到他们被迫再次转入地下。10月24日，阿德里亚诺以摩尔斯电码给盖文.班克斯 发送了一条信息，告诉了他当前的情况，并指令盖文前往纽约，为威廉小队解除隐藏后的行动做好准备。之后，威廉小队逃出了意大利，并抵达了纽约州都灵，因此，阿德里亚诺在10月29日收到了一封来自威廉的电子邮件。邮件中他得知小队正在等待戴斯蒙从昏迷中苏醒，以便进入大神殿。
在威廉小队进入大神殿后，阿德里亚诺得知圣殿骑士正在尝试黑入刺客的系统追踪他们的位置。11月27日，他给威廉发送了一封电子邮件，表示他决定进行一次“恶意收购”，意大利兄弟会准备对Abstergo公司罗马分部发动袭击。
在重创圣殿骑士后，刺客们于11月29日发现一支装备精良的圣殿骑士小队跟踪他们回到了藏身地。圣殿骑士的攻击已经迫在眉睫，阿德里亚诺却倔强地拒绝离开。
艾吉奥.奥迪托雷逝世488年的11月30日上午6：27，下属全部撤离，现代兄弟会创始人、刺客导师“老前辈”阿德里亚诺在留下遗言“Vittoria agli Assassini”“刺客万岁”后引爆了佛罗伦萨藏身地，与攻入的西格玛小队同归于尽，只有队长尤哈尼.奥托.伯格逃脱。爆炸也摧毁了意大利兄弟会的文件资料，避免了其中的内容落入圣殿骑士手中。但遗憾的是，意大利兄弟会在转移中与圣殿骑士外围势力发生了遭遇战，只有哈兰.T.坎宁安幸存。12月1日，他向威廉发送了一条信息，确认了阿德里亚诺的死亡，享年94岁。
2013年9月11日，盖文和他的队员停靠在火奴鲁鲁港内。苏珊.德雷顿想知道为什么他们现在不在大阪。盖文解释说因为他的导师，大阪刺客望月见一最近都没有与他联系，让他有些担心。埃里克.库珀注意到大阪兄弟会与他们的联络自去年12月起开始减少，但盖文表示他与见一有特别的联系方式。苏珊担心他们会驶入陷阱中，而盖文则保证绝对不会，随后下令向菲律宾航行。他们在菲律宾当地的军火贩子处“采购”，埃曼努埃尔.巴拉萨负责检查买来的武器质量。
2013年10月11日，盖文阅读了一篇关于Abstergo娱乐蒙特利尔工作室的文章，其中包括了一份来自一个名叫奥利维耶.加尔诺的创意总监的声明文件。他随后发了封邮件给瑞贝卡，想知道这个加尔诺是什么人以及他的详细情况。
2013年12月2日，瑞贝卡发邮件告知盖文，他们与Abstergo内部合作的内线约翰.斯坦迪什已经死了，她和肖恩准备尽快赶往蒙特利尔。盖文祝他们好运以及带去对威廉的问候，他准备在到达大阪后做另外的尝试。
2013年12月4日，盖文等人抵达大阪。他带着埃曼努埃尔来到大阪刺客藏身处。然而他们却发现藏身处曾遭受攻击，内部一片狼藉。盖文用他的鹰眼调查后发现袭击者并不是Abstergo公司的人，而是当地一个日本黑帮。他们杀害了盖文的导师望月见一和其他日本刺客们。他随即命令队员去城市中搜索并寻找任何幸存的日本刺客。
经过九天的搜索和情报整理，埃米特.利里从中得知，当地凶残的阴摩罗鬼组在最近一次激烈的帮派火并中被消灭，但是他们在白道的生意却还在运作。埃曼努埃尔通过对交易记录的追踪找到了阴摩罗鬼组的新据点，但没人知道他们的新老大是谁。2013年12月13日，盖文决定与黑帮接触以知道他们究竟想做什么。
2013年12月17日21点47分，盖文与埃曼努埃尔前往阴摩罗鬼组的据点。他向门口的守卫提出与他们的老大会面，他计划从会面中套到所需的信息，就像见一曾教导的那样。但守门人是一个带着刀，自称高仓清志的年轻男子，他的态度很不友好，扬言面前两人如果不立刻滚，他就会把他们揍趴下。盖文断然拒绝并对清志那时髦的打扮嘲讽了一番，惹得清志大怒并出手攻击。他将盖文撞倒在地并不断踢踹。而埃曼努埃尔却不能出手救他，因为他曾提醒过盖文他是个和平主义者。门口的动静引起了其他阴摩罗鬼组成员的注意，他们一边围观一边讨论他们的老大“恐怖婆婆”的事。埃曼努埃尔无意中听到他们说婆婆最近很不高兴，因为她要花心思去隐藏好兄弟会，这让他立即知道了他们的真实身份。而盖文的性命最终也被埃曼努埃尔所救，当清志用自己的袖剑刺向盖文时，埃曼努埃尔以自己的手挡下了攻击，剑刃洞穿了他的手掌。他强忍剧痛要求清志背出刺客的信条，并告诉清志和周围的人，他和盖文都是刺客。
次日1点3分，盖文和小队成员见到了“恐怖婆婆”望月纱子，她是现任大阪导师以及前任大阪导师望月见一的妻子。她笑着说盖文仍是个淘气的小男孩。而大阪刺客的现状是由前阴摩罗鬼组造成的，他们袭击了刺客藏身处并杀害了见一，纱子便接任了导师一职并率领余部解决了阴摩罗鬼组的头儿，随后吸纳了他们的成员。她说两个团体都有过在黑暗中耕耘为光明服务的历史，因此合并在一起无多问题。盖文虽然在她面前把批评的话憋了回去，但脸上还是写着不满。
两天后，双方交换了各自的情报。在得知了大阪刺客们因日本政府的枪支管制政策和最近的战斗导致武器装备供应紧张的状况后，盖文将他们从菲律宾处购买来的武器送给了他们，并留下了军火贩子们的联系方式。而纱子则把一个头戴式的Animus装置送给了盖文，她说这是刺客们从Abstergo处偷来的。同时她还表达了自己对刺客—圣殿骑士战争将进入新一阶段的担忧。
2013年12月23日，盖文向船医斯蒂芬妮.赵抱怨她对埃曼努埃尔的伤太过重视以至于忘了给他治疗。斯蒂芬妮提醒盖文他年纪已经不小了，不应该跟一个年纪只有他一半大，受过训练的黑帮刺客逞强打斗。盖文很生气，他说如果当时埃曼努埃尔尽到了自己的职责的话，就不会发生这种事了。但随后他也有些内疚，说不该迫使埃曼努埃尔这个和平主义者卷入到需要暴力的局势中，他认为他们现在需要的是强有力的战斗人员。
2013年12月31日，纱子被埃里克.库珀邀请上船，高仓清志陪同他的导师与他们一起搭乘阿泰尔Ⅱ号 前往东京。纱子对船上的脏乱差现状很是反感，他告诉船长苏珊.德雷顿，日本人认为在新的一年到来时家中应是干干净净的。于是三人便开始清理船只，结束后纱子做了日式荞麦面给众人。
盖文在确认日本兄弟会的安全后，开始了下一段航程。2014年1月15日，他们乘船离开日本向北航行。盖文开始解威廉手札的谜题以期来引导他们。埃米特问盖文为何他们不与威廉简单的联系一下，他需要回归兄弟会，但盖文表示自己也不知道威廉在哪儿以及如何去联系他。他补充说他们将会通过旅行搞明白，如果威廉一开始就说出答案，那就不有趣了。
3月26日，纱子知道了俄罗斯兄弟会的覆灭，准备将一批枪支弹药送给格鲁吉亚的刺客们用以前往俄罗斯组建新分部。
2015年末，纱子组织了两只搜索小队前往韩国和中国，希望能找到阿尔瓦罗.格拉马提卡的秘密实验室，并帮助当地的刺客小组。
Chapter 2. 自由之刃割裂秩序 3
出生在位于莫斯科南部的普罗特维诺。加林娜、阿芙朵提亚姐妹见证了俄罗斯兄弟会在80年代末期的衰落。她们生下来便作为刺客在属于俄罗斯科学院的科学城中工作。到了1991年，俄罗斯仅剩
下一个刺客小队，其他的刺客已经被国内权力渐增的圣殿骑士消灭殆尽。
她们的母亲梅杰娅在1977年得到了Animus的早期版本设计图。她认为如果能在圣殿骑士之前开发出这台机器，刺客们就能在这场漫长的战争中获得先机，并能够扭转俄罗斯兄弟会的衰落。最终她们在普罗特维诺的一座旧实验室里建造了自己的Animus设施。
遗憾的是，刺客们没有让Animus正常运作的材料和专业技术。作为导师的梅杰娅却要求所有刺客长时间的进入Animus中。长时间的Animus经历使梅杰娅的精神变得迟钝且暴躁。
2012年12月，一股突然涌现的力量使梅杰娅以夏娃的视角体验记忆后，让她的病症加重了。梅杰娅把这当成是她加倍努力的成果，于是她强迫剩下的成员进Animus。由于她的母亲把自己反锁在了实验室里，加林娜不得不离开科学城以寻求帮助，在孪生姐妹的帮助下，加林娜知晓了一个古老的刺客会议场所——一座连接莫斯科动物园的老桥上，她从祖母的日记中得到了确切位置。于是她每逢满月便来到此地，希望联系上其他刺客。
2013年6月28日，俄罗斯政府宣布计划将俄罗斯科学院剩余财产和设施都置于其控制之下，这让剩下的刺客们立即处于极度危险中。加林娜和阿芙朵提亚作为最后两名神志清醒的人，也都被强迫进入了Animus。但加林娜进入后不但没有疯掉，反而通过“出血效应”学到了刺客的能力。
2014年2月19日，盖文在海参崴上岸并乘火车前往莫斯科，剩下的人则乘船从北冰洋绕行。2014年3月16日，加林娜来到莫斯科与盖文.班克斯及他的两位队友埃米特和埃曼努埃尔.巴拉萨取得了联系。并在当日和三人会面。在请求他们刺杀母亲前，她告知三人俄罗斯兄弟会只剩下她一人了。经过两天的讨论后，他们同意了加琳娜的计划。在会面中，埃米特试着向她解释她母亲不可能与夏娃对话，因为Animus只能让人单向接收基因记忆，但加林娜看起来并未被说服。
班克斯小队和加林娜一起回到了位于普罗特维诺的实验室。小队强行爆破了实验室大门，随后加林娜在小队成员面前展示了她惊人的刺杀技巧，她使用双袖剑一人解决掉了所有陷入疯狂的刺客们，包括她的双胞胎姊妹，使她们脱离了无尽的痛苦。
最终他们发现加林娜的母亲正躺在由她所制造的，造型陈旧的Animus上，机器放置在一个堆满了显示屏的房间中，梅杰娅面如死灰，念叨着死去的丈夫和灰暗之境。加林娜啜泣跪倒在母亲身旁时，埃米特惊恐地一旁的显示屏上看到了朱诺，加琳娜随后用袖剑从下颌刺进了母亲的大脑，梅杰娅终于解除了所有苦难。同时，朱诺尖叫着从显示屏上消失了。
盖文.班克斯随后邀请加林娜, 俄罗斯兄弟会的最后一员, 加入阿泰尔Ⅱ号的团队。不久他从格鲁吉亚派遣行动人员到俄罗斯重新组建兄弟会。
哈兰.T.坎宁安在高中时是一个有光明前途的摔跤手。但因为被人发现是同性恋，他的职业生涯不得不提前结束。他之后为了寻找安慰加入了刺客兄弟会。哈兰后来被分配到阿德里亚诺.马埃斯特兰齐领导的的意大利兄弟会。
2012年，在威廉小队试图离开意大利时，哈兰于10月16日收到了一条来自他的短信，短信中哈兰得知圣殿骑士已经盯上了威廉，威廉一行将转入地下躲藏。10月25日，哈兰再次收到了来自威廉的联络，威廉请求哈兰帮助他们逃出意大利。10月27日上午9点51分，哈兰在没有经过阿德里亚诺同意的情况下发动了一次对Abstergo的Δ战术小队的埋伏，杀死了数名圣殿骑士特工，使威廉小队得以摆脱圣殿骑士的追踪。哈兰于上午10点38分给威廉发送了一条短信，告诉他在这场小规模战斗中他们只失去了一位刺客，而且有一名圣殿骑士丹尼尔.克洛斯在战斗中“失去了理智”。
12月1日下午12点20分，哈兰给威廉发送了一条信息，告诉了他意大利兄弟会发生的事情，以及他将转入暗处。威廉回复哈兰告诉他要振作精神。
12月19日下午9点12分，哈兰在奥地利维也纳用手机与盖文取得了联系。哈兰确认他没有再被圣殿骑士跟踪，他现在正在安全屋里。他们谈论起阿德里亚诺，哈兰表示自己没能劝说阿德里亚诺离开感到内疚。盖文让他宽心，随后让他前往鹿特丹等待进一步指示。
2014年2月，哈兰和他的伙伴阿伦德.舒特，一名在训练时成为刺客的荷兰MMA摔跤手，潜入了位于鹿特丹的Abstergo工业设施，他们偷走了先行者之盒。在逃离设施的过程中，他们遭遇了Abstergo的西格玛小队，队长尤哈尼.奥托.伯格也在其中。交火接踵而至，他们击败了西格玛小队中的数人。但最后还是因为敌方人数太多不得不放弃先行者之盒逃跑。
2015年，哈兰和阿伦德结婚了。阿伦德一度是荷兰一个非常成功的综合格斗冠军，却因为公开自己的性取向所带来的负面新闻影响到了他的职业生涯，并因此被迫退役。之后，他遇见了哈兰，一个曾在美国和他有过相似境遇的人，两个人很快就坠入了爱河。然而，他们的蜜月最终被主教打断，主教把阿尔瓦罗.格拉玛提卡标记为最高优先级目标，并催促这对新婚伴侣在全欧洲范围内去寻找他和他的秘密实验室，并从这个Abstergo的科学家手里夺回圣裹布。
哈兰和阿伦德的第一站是英国，他们确认了伊莎贝尔.阿尔当已死，并注意到虽然这里驻守着许多的西格玛小队和三角洲小队的成员，但没有任何证据证明这里有一座秘密实验室。
他们的第二站是法国，阿伦德并没有对在这里能找到格拉玛提卡的秘密实验室抱任何希望，因为刺客一年之前刚在巴黎摧毁了一个与其类似的实验室。
随后两人注意到Abstergo公司似乎对投资萨克雷企业集团非常感兴趣，但两个人觉得这和他们的任务并没有关系，所以没有继续调查。
同时阿伦德和哈兰也联系了乔治亚尼尼兹兄弟会，但对方并没有回复，两个人非常担忧乔治亚尼尼兹兄弟会的安全。随后他们把任务报告上传给了主教，阿伦德明确的表示接下来他们会去意大利继续寻找格拉玛提卡的秘密实验室，尽管哈兰对这件事持保留意见。
之后阿伦德请求主教告诉加林娜.沃罗宁娜不必为伦敦行动中没能杀死尤哈尼.奥托.伯格而灰心丧气，并说自己总有一天会杀了伯格以作为当年他伤害了哈兰的回报。
在结束莫斯科之行后，埃里克及剩下的刺客们根据盖文解开威廉.迈尔斯所留下的手札谜题得到答案，航向了挪威一个隐秘的洞穴。2014年5月1日，阿泰尔Ⅱ号抵达了威廉的藏身处。在瑞贝卡.科瑞恩开始改进阿泰尔Ⅱ号的系统时，她发现在船上很可能有一个间谍，其隶属于一个名为“起始”的组织，正不断将他们的信息上传至“起始”的数据库中。于是除了盖文和加林娜以外的所有船员都挨个到船上的一个小房间中接受威廉的审问，直到洗脱罪名为止。埃里克.库珀对于他们中出了叛徒感到十分吃惊。
5月23日，威廉召集了众人并指出斯蒂芬妮.邱是间谍，命令加琳娜.沃罗宁娜杀了她。这时埃里克站了出来称他也是同伙，他负责写报告，斯蒂芬妮只负责上传。但出乎意料，威廉并未真的想杀死他们，因为通过瑞贝卡的调查，“起始”是一个致力于揭露刺客与圣殿骑士双方历史的黑客组织，威廉认为他们可以成为有价值的盟友。
11月，埃里克向埃米特发送消息，告知“起始”于巴黎设置了一个据点，并等待他和他们连接入侵当地的Helix中心。
主教的过去是个谜，所有关于她是谁、她来自哪里的信息，似乎都被刻意地抹去。2014年，威廉.迈尔斯指定她成为了起始组织的正式管理人，该组织由肖恩.黑斯廷斯和瑞贝卡.科瑞恩引荐并被吸纳进刺客。主教负责从Abstergo公司的云服务器中同步基因记忆，以此来对抗圣殿骑士。
同年，主教联系了一名Helix用户，向他展示了圣殿骑士团长雅克.德.莫莱的一名追随者的记忆，之后，将重点转向了法国大革命时期的刺客亚诺.多里安的经历。当他完成了亚诺记忆的第一个序列后，主教介绍了自己并给了他一个加入刺客的机会。当用户接受后，主教把Abstergo公司的机密——“凤凰计划”的介绍传输给了他，并解释说圣殿骑士正在寻找过去和现在的圣者用于定序先行者基因组，亚诺曾经与一位圣者有过接触，她希望用户能够赶在圣殿骑士前找到这段记忆。为了做到这一点，主教亲自指导用户在Helix中的行动，并保持对Abstergo公司的监视，以及收集起始在Helix裂隙中Abstergo公司解密的数据。
当用户确定了弗朗索瓦.托马斯.日耳曼的骸骨被葬在巴黎地下墓穴后，主教十分满意，因为骸骨很难定位而且有降解的可能性。她告诉用户他们将阻止Abstergo公司降解骨头提取DNA，要求继续他研究亚诺的记忆并收集信息，以帮助刺客。
当用户后来研究附加的记忆序列时，主教检测到系统中的一处干扰，并将其锁定在Helix数据外。她设法稳定了联结，让用户能够继续探索亚诺的记忆，最终发现亚在圣但尼地下发现的伊甸苹果。
在2015年末，由于观察到圣殿骑士在伦敦的数个新项目，主教派出肖恩和瑞贝卡渗透进伊莎贝尔.阿尔当的办公室以确定Abstergo在寻找的伊甸碎片是什么。同时，她也重新建立了与起始的联系，并拜托他们调查雅各布.弗莱和伊薇.弗莱——一对活跃在维多利亚时代伦敦的双胞胎刺客——的基因记忆。
当起始开始重现弗莱姐弟的记忆时，肖恩和瑞贝卡决定在阿尔当的办公室埋伏她。这让主教感到惊慌不已，因为这并非是一开始的计划。当阿尔当迅速地召来圣殿骑士大师尤哈尼.奥托.伯格和他的副手维奥莱特.达科斯塔来抓捕这对刺客时，计划出了差错。幸运的是，肖恩和瑞贝卡借助引爆预先埋下的炸药得以逃脱。
之后，主教探访了肖恩和瑞贝卡，表达了她对他们安全逃脱的宽慰，并且她告知他们，通过起始的调查确定新的伊甸碎片是圣裹布。由于肖恩提出他们需要支援来应对可能遭遇的西格玛小队，主教联系了加林娜.沃罗宁娜，并将她派到了伦敦。
夜晚降临伦敦，主教询问肖恩如此逼迫自己的原因，肖恩对主教解释道，他希望能够以他的一个为了拯救世界而牺牲自己的老朋友为榜样来行动。再次确定了朋友们的安全后，主教联系了起始并且强调刺客正依赖着他们来寻找圣裹布的位置。
起始调查后确定圣裹布被藏在白金汉宫下。刺客得到了可视布局图后试图取回它。然而维奥莱特还是在之后发生的战斗中带着碎片逃脱了。尽管如此，主教仍然感谢了起始的努力，承诺一定会夺回圣裹布，并向他们展示了一段刺客截获的维奥莱特回到Abstergo公司时的录像。
主教在取得伊薇•弗莱更多记忆保持与起始的Helix联结同时，也向刺客们传达了威廉.迈尔斯的指令——所有刺客定位阿尔瓦罗.格拉玛提卡的实验室。在扎斯迪普.达米和埃里克.库珀发表他们关于对将起始等平民卷入风险的担忧后，主教传达了威廉的另一项指令《屋顶花园协议》，要求刺客停止使用起始的通信网络，并且若有刺客找到格拉玛提卡的实验室，应待命直至全部突袭人员就位，而除此之外刺客可以依据信条自由选择目标行动。此外她还通知起始刺客会中止联系直到另行通知。
Chapter 2. 自由之刃割裂秩序 4
扎斯迪普.达米和西沃恩.达米兄妹是印度兄弟会的成员，与扎斯迪普技术型的妹妹不同，他更喜欢骑车，并梦想成为一名明星。
2013年末，扎斯迪普和他的妹妹接受了搜寻19世纪在刺客阿尔巴兹.米尔手中的伊甸碎片“光之山”的任务。由于Mysore科技公司的程序员乔特.索勒告诉西沃恩他有一个锡克帝国时期的刺客祖先，他们最终将调查锁定到了乔特身上，在想办法得到一个婆罗门V.R.Animus改进型后，达米兄妹追踪乔特到了孟买，并强迫他跟着二人行动。
扎斯迪普将乔特带到藏身处后，询问他“光之山”的位置，并告诉圣殿骑士在整个印度搜寻与这颗钻石有关的人。乔特拒绝回答，他们便强迫乔特去通过婆罗门V.R.回溯他的记忆。然而之后显示的结果让西沃恩意识到乔特欺骗了她，他的祖先与阿尔巴兹•米尔或者兰吉特.辛格没有任何血缘关系。
不久后，Abstergo特工发动了对安全屋的攻击。在战斗中，经验较少的西沃恩被杀。扎斯迪普独自击退了第一波攻击，切下妹妹的一段手指以保存她的DNA后，他立刻带着乔特从建筑顶部逃离，并准备用绳索下降。当扎斯迪普在索降途中，他远程引爆了西沃恩袖剑上的炸药摆脱第二波到达的圣殿骑士。
爆炸杀死了追击者，但也让和扎斯迪普一同挂在绳索上的乔特被震开直接掉落到下方的贫民窟里。两人在混乱中分散，而乔特之后设法与未婚妻莫妮玛.达斯重聚，但两人随即被前来的圣殿骑士带走，得知乔特行踪的扎斯迪普决定在孟买普纳高速公路上背水一战，他驾车追赶圣殿骑士的车辆并劫持了一辆护卫队摩托。
解决护卫车队后，他向汽车的轮胎射击，让汽车失去控制撞向高速公路上的拦截网并坠入米提河中。扎斯迪普跳入水中救出了乔特，但莫妮玛还困在面包车里，最终死在了孟买湾。没有时间抱歉的他立刻将乔特带往位于“小偷市场”的另一个安全屋中，向负责人迪奈什报告了任务的失败。
当扎斯迪普和迪奈什讨论下一步该做什么时，乔特开始回忆莫妮玛的记忆，这让两位刺客发现莫妮玛才是普雅拉公主的后裔，她的记忆显示了 “光之山”的下落。当迪奈什将记忆拷贝到乔特的手机上，并删除了Abstergo云服务器上的数据后，扎斯迪普开始准备应对圣殿骑士的攻击。冲突很快爆发，迪奈什在混战里中枪身亡，扎斯迪普为乔特逃走争取了时间。在放倒了几名特工后，扎斯迪普也设法逃离了安全屋。
2015年，扎斯迪普从主教处收到世界范围的指令，所有刺客搜索阿尔瓦罗.格拉玛提卡的秘密试验室。当在印度搜寻一无所获的时候，他向主教发邮件讨论起始的帮助，并提醒他们还是平民，并且他十分清楚将平民卷入刺客与圣殿骑士的斗争中会发生什么问题。
2017年，与兄弟会失去联系两年的扎斯迪普参与了神秘势力在香港埋伏巴因德拉.米特拉小队的行动，在刺客们闯进Abstergo公司的建筑来搜寻“凤凰计划”的信息时袭击了他们。除了夏洛特.德.拉克鲁兹被扎斯迪普追踪跳出窗户外，其余刺客均被射杀殆尽。当夏洛特摔到小队技术员格尔尼卡.莫尼奥所在的货车上后，扎斯迪普跳到车上和夏洛特展开搏斗。战局正酣，司机格尔尼卡的手被飞刀划伤，汽车失去控制翻倒在地。夏洛特先一步制住了扎斯迪普并试图审问他现在的身份和目的，而此时格尔尼卡伤势恶化并出现休克，刺客们不得不放弃审问并逃离了现场。
之后，高仓清志和哈兰.T.坎宁安袭击位于蒙特利尔的Abstergo娱乐意图绑架一名Animus专家菲利克斯.奥拉德勒时，他们遭到了扎斯迪普的伏击。在两名刺客解决掉警卫后，他们来到了奥拉德勒的办公室，发现他已被扎斯迪普杀死。接着便发生了战斗，扎斯迪普重伤了高仓清志的颈部，当他正要杀死哈兰的时候，却被清志举枪射中跌下大楼。
扎斯迪普在跌落后存活下来并来到了日内瓦，发现刺客米歇尔.勒迈尔和圣殿骑士伯格各自在调查自己组织中有问题的账户。当伯格将米歇尔拉到楼梯间询问的时候，他发现自己正被暗中观察着。于是伯格打晕了米歇尔，并和突然出现的第一文明仆从们展开战斗，在体力不支倒下前，伯格赤手空拳杀死了五人。这时扎斯迪普现身并透露了自己的身份。伯格也认出了他是孟买那时的刺客，而扎斯迪普称他已经不再关心为妹妹报仇的事情，现在只为“她”的目标服务。接着他用伯格女儿的生命作为威胁，让伯格停下对仆从们的调查，然后将他扔下护栏。
之后扎斯迪普回到了仆从们的总部，而维奥莱特.达科斯塔却和他争论是否应该杀死伯格。维奥莱特觉得贝格是一名可以争取的盟友，不应受到如此残酷对待，扎斯迪普反驳说他并没有杀掉他，并且只有朱诺才有权决定谁能够一览新伊甸园之貌。这时朱诺在屏幕上现身，说夏洛特有着他们需要的东西， “光之山”最后出现在西班牙。接着扎斯迪普引导戴斯蒙的儿子伊利亚来到一群正在等候的仆从前，两人向信徒们阐述了了朱诺的成功。
夏洛特.德.拉.克鲁兹在纽约的布朗克斯区长大。当她还小的时候父亲就离开了家庭，夏洛特便由母亲抚养长大。夏洛特崇拜的外祖母弗洛伦西亚常在她童年时期进出于家庭。夏洛特在还是孩子的时候就目睹了他的舅舅在保险失效后让整个家庭为赔付巨额医疗费用几近破产，这使得她不信任大企业和腐败政客。她在纽约州北部读完大学，在此期间她欠下了大量学生债务。
在毕业不久后，她便搬到了加利福尼亚的圣地亚哥并成为了马耳他银行的会计人员。在闲暇时光里，她喜好玩Abstergo娱乐的Helix，而她浏览阴谋网站的经历又让她知道了刺客与圣殿骑士间的秘密战争。
2015年末，刺客注意到了夏洛特能够使用“鹰眼”的能力。科迪.亚当斯在网络上联系了夏洛特，了解了她偏向刺客这一方的立场。第二天夏洛特参加了环球股份的面试，而她削减对发展中国家援助，转而支持民主国家的提议并未得到面试官的认同。这一天稍晚时候，她为了帮助一位无力负担女儿医疗费用的老人莫海德女士，非法从房地产开发商处挪用了10，000美元转给她。
当她晚上回到家中，出乎她的意料，泽维尔.陈和加林娜.沃罗宁娜在她的公寓中等候她的归来。当夏洛特知道他们是来自刺客兄弟会后，立刻接受了他们的招募。但不多时就有三名假装是环球股份工作人员的圣殿骑士前来袭击并企图杀死她们。尽管泽维尔和加林娜解决了圣殿骑士们，夏洛特还是差点从阳台上跳往另一个阳台上，并失去了意识。随后她在索尔顿湖的泽维尔小队藏身点醒来，结识了科迪.亚当斯、见识了经过科迪改良的Animus“红骑士”，并接受了他们的求助。
他们对夏洛特解释说有一名叫做约瑟夫.劳里尔的刺客背叛向了圣地亚哥的圣殿骑士，并准备告诉他们他在塞勒姆女巫审判期间祖先藏下的伊甸碎片，但他又私下发消息来说他是在给圣殿骑士埋下圈套。所以刺客们需要夏洛特进入Animus，通过祖先托马斯.斯托达德的基因记忆来确定约瑟夫是否是在说谎，他到底是真的背叛了兄弟会还是在引诱圣殿骑士。
夏洛特挣扎着保持同步，却又难以认同斯托达德的价值观，科迪把这归咎于她缺乏同步经验。同时加林娜和泽维尔讨论，加林娜认为夏洛特无法保持与斯托达德的同步，而科迪和泽维尔持反对意见。接着加林娜反着将夏洛特和约瑟夫比较，说人不会改变自己，约瑟夫最后和圣殿骑士结盟，暴露了自己的本性。后来科迪报告说夏洛特的同步开始稳定，不过担心如果她继续难以保持和斯托达德的同步，她的大脑可能会受损。
后来科迪截取了一条Abstergo的通讯，发现约瑟夫意图杀死的圣殿骑士是记忆破解专家迪迪尔.霍金。刺客们担心约瑟夫会暴露藏身处的位置，所以他们将Animus装上货车让夏洛特继续同步，同时前往圣地亚哥。
夏洛特使用Animus见证了约瑟夫祖先珍妮弗.奎莉的死亡，刺客们终于相信了约瑟夫并不知道那件碎片的下落，得出约瑟夫并没有背叛刺客的结论，他是在引诱圣殿骑士。在科迪黑进服务器为他们指路后，泽维尔和加林娜离开货车去和约瑟夫会合。夏洛特在和科迪聊天中突然想起康苏斯的信息，坚持要科迪将她放回Animus中。之后她了解到珍妮弗并非约瑟夫在塞勒姆唯一的祖先，而他的确背叛了刺客兄弟会。她意识到泽维尔和加林娜正跳入陷阱当中，并决定前去拯救他们，科迪在临别前扔给了她一件刺客连帽衫。
最后夏洛特带着受伤的加林娜回到货车，遗憾地告诉科迪泽维尔的死讯。加林娜命令科迪赶紧联系盖文，让他派遣一队刺客火速前往塞勒姆，因为她们不清楚约瑟夫是否给圣殿骑士透露了多萝西.奥斯本的信息。然而夏洛特说没有必要，因为她能够感觉约瑟夫没有和圣殿骑士合作。
2016年，刺客们辗转来到墨西哥，加林娜在泽维尔死后自任为小队队长并要求将抓到约瑟夫定为首要目标。当到了墨西哥城后，他们在一个汽车旅馆中定下房间并雇佣了两名自由医生来治疗加林娜的腿伤。然而当女医生去照料加林娜的时候，那名男性医生突然掏出手枪。加林娜预料到了潜在的危险，在他开枪前便将这名Abstergo特工射杀。接着她命令夏洛特拿起枪瞄准女医生。女医生解释说她并不明白这名男性的动机，并说他是新来的。夏洛特告诉加林娜她知道女医生在说实话后，加林娜应夏洛特的要求没有杀死她，只将她打晕后便离开了。
接着他们搬到了对面的旅馆，这有利于对圣殿骑士更好地隐蔽自己的行踪。当他们在观察前旅馆的动态时，夏洛特说她本来打算在那之后就离开，结果发生了这种事情。科迪保证夏洛特有自己的贡献，她的表现非常出色，甚至能和博学者相提并论。这让夏洛特想起之前康苏斯让她去找到黑客组织“博学者”，尽管科迪提醒她博学者并非盟友，她还是在暗网上开始寻找线索。经过一晚上的搜索，她发现了博学者有一项会议会在接下来一周内召开，但位置被密码加密了。密码是一个问题：“可爱的皮什塔说了什么？”
夏洛特回忆起外婆在她小时候给她起的乳名叫“皮什塔可”，而这也是她在印加帝国陨落时期的一名祖先的称号。她摇醒了科迪，让他趁着加林娜睡觉的时候将她放到Animus中去，回溯祖先查斯琪.奎拉的记忆。
夏洛特在Animus待了两个小时后被科迪拉出来给机器充电。两人开始闲聊，夏洛特谈到了她的童年和自己的家庭。他们的对话被加林娜打断，她让他们去搜寻圣殿骑士加西亚.洛佩兹，她掌握着约瑟夫的线索。夏洛特拒绝参与这种绑架审讯，觉得找到博学者才是当务之急，而加林娜不这么认为，强迫夏洛特帮忙。
科迪和夏洛特跟着加西亚.洛佩兹来到了查普尔特佩克公园，他们打算在加林娜的监视下，迅速抓捕这名圣殿骑士。然而夏洛特离得太近暴露了自己，科迪试图追上加西亚，但鼻子被她打破，夏洛特也被喷了药剂丧失了行动能力。二人在当局到来前回到卡车上与加林娜一同逃离。
之后，夏洛特无视加林娜的命令私自进入Animus被科迪和加林娜发现并拽了出来。当加林娜指责夏洛特又一次无视命令的时候，科迪发现电池过载需要更换。夏洛特试图出去寻找电池，而加林娜告诉她不能出去只能留在车上，夏洛特觉得受够了，便独自一人离开。
加林娜改变主意留下科迪去找夏洛特，但科迪却被黑帮抓住，割下了左耳作为信息，要求两名刺客前来投降，否则科迪会受到更多折磨。加林娜在几个小时后被夏洛特发现自己正在跟踪她，而这时加林娜也透露了在那之后所发生的事情和黑帮的要求，这让夏洛特感到惊恐。
于是夏洛特与加林娜来到阿兹特克体育场试图救回科迪，黑帮却在此处等待她们的到来。加林娜占据了一个狙击位置，当夏洛特接近科迪的时候，加林娜突然责怪夏洛特的仁慈放走了那名女医生，也因为她的失误错失了抓捕加西亚.洛佩兹的良机，这让她们无法离开此处。夏洛特因为分神遭到黑帮头领阿图罗.维奥拉的伏击，右脚被射中并被挟持以迫使加林娜现身。夏洛特挣开束缚让加林娜有机会射击，但此时圣殿骑士也乘坐直升机到达此处，子弹射向维奥拉和他的女儿。圣殿骑士惠特克试图抓住夏洛特，但被上级奥尔特加.桑切斯阻止。
夏洛特怀疑圣殿骑士们非常重视她的价值，于是将手枪抵在自己脑门上以自杀来威胁他们放过同伴。尽管科迪让她不要这么做，她还是和桑切斯达成了交易，许诺在一天之内用博学者三天后的会议位置信息来换回加林娜和科迪的安全逃离。桑切斯同意了，并用手杖再一次打伤了夏洛特的伤口，声称如果她不履行承诺，他就会肆意伤害她的朋友和家人。
在夏洛特同步至奎拉记忆最后阶段时，她发现进入会议的密码就是一名西班牙刺客的名字——唐.贡萨洛.帕尔多，也得知了会议的地点在阿根廷。然后她就准备去找桑切斯放过同伴，但在交接那一刻黑帮突然袭击了圣殿骑士，而这正是加林娜私下与他们达成的协议，让他们为老大报仇来换取夏洛特逃脱的机会。
被盖文.班克斯派来救援加林娜小队的高仓清志和哈兰用一架直升机救出了他们的刺客同伴和“博学者”盟友，并在逃离岛屿时杀死了圣殿骑士奥尔特加.桑切斯。
之后小组成员乘坐航班来到布宜诺斯艾利斯，夏洛特下机后看到一名男子举着唐.贡萨洛.帕尔多的牌子，接着她见到了博学者的领导人，自己的外婆弗洛伦西亚。
2016年10月21日，Abstergo伪造了对谋杀犯卡勒姆.林奇的公开处决，并将其秘密转移到他们位于马德里的研究所，利用他的基因记忆寻找其祖先阿吉拉尔.德内哈持有的伊甸苹果。
在被卷入海瑟威的事件后，Abstergo的首席执行官、圣殿骑士内殿团成员、同时拥有最高大师和“守护者”头衔、直接向十字统领和长老会效忠的团长艾伦.里金抵达了马德里，协助女儿索菲亚寻找伊甸苹果。12月14日，艾伦与他的女儿在最高大师之厅向长老会展示他们获得的新的伊甸苹果时，在加林娜小队的帮助下，逃出设施的卡勒姆.林奇潜入大厅当众刺杀了他，随后夺回了伊甸苹果，成功逃脱。
艾伦死后，圣殿骑士在警方验尸前将他的遗体取回，意图隐瞒刺客的存在。而Abstergo对外公布的消息为艾伦因瓦斯外泄而死亡。
Chapter 2.5. 猎犬
尤哈尼.奥托.伯格是一名前芬兰特种部队成员，他也是Abstergo公司行动部的一名特工，同时也是西格玛小队的队长。
伯格生于芬兰小镇米凯利，但却跟着在一家属于Abstergo的石油公司工作的父亲旅行过很多地方。他在阿富汗、库尔德斯坦和阿曼等地度过童年。伯格在父亲的祝福下回到芬兰参军。起初他的口音遭到了嘲笑，但当他证明自己是一名杰出的新兵后，这些嘲笑也就逐渐销声匿迹，而他也成为了特种部队乌蒂猎兵团中最年轻的成员之一。
不过在2010年前后，他选择成为了一名雇佣兵，他认为这样可以比在部队赚取更多的钱以便治疗女儿艾琳娜的先天性囊肿性纤维化疾病。伯格的妻子赫米反对他成为雇佣兵，最终同他离婚。
一天夜里，以沃伦.韦迪克博士为首的一支Abstergo小队闯入了伯格家中，并将他控制起来，在贝格的注视下，韦迪克为艾琳娜注射了一种药剂，并宣称自己能治好她的病症，只要伯格为他工作，韦迪克就会给他提供更多的药物。
面对女儿的顽疾，伯格同意了，但他有一个条件——要解决掉吵醒艾琳娜并吓哭她的人。韦迪克欣然接受，允许伯格残酷地杀死了那名Abstergo特工。
2012年10月12日，伯格短暂地与其他数名让沃伦.韦迪克博士青眼相加的阿布斯泰戈行动部特工开始了他们Animi 训练计划的第二阶段。沃伦向伯格和其他训练者许诺，如果他们取得成功就可以获得巨大的权力、财富和关于圣殿骑士的信息，但也警告他们从现在开始已经没有回头路了。
10月28日，伯格在Animus中的训练表现让他的Abstergo上司很感兴趣，他的优异表现足以让他获得提升，并在圣殿骑士的行列中得到更大的权力和自由。
在11月8日进行的一份特工评估报告中，茨季博尔.哈谢克将伯格定为内殿团的一名潜在候选人，报告中将他记述为一名顺从、忠诚的特工，致力于为圣殿骑士的事业而奋斗。不过，哈谢克担心伯的女儿会成为他的一个弱点。
11月16日，伯格被利蒂希娅.英格兰派往纽约，目的是调查一起与Abstergo追踪的伊甸碎片相关的网络安全破坏事件，有关一件位于曼哈顿某幢建筑顶层中的碎片。他在那里发现了丹尼尔.克洛斯，克洛斯在前一天逃出了费城研究所，随后在与刺客戴斯蒙.迈尔斯的对抗中受了伤。尽管伯格受到了丹尼尔的攻击——显然丹尼尔又遭受了另一次“出血效应”的侵袭，他仍然抵消了克洛斯的干扰，并将他送回了Abstergo。
九天后，在芬兰赫尔辛基，有人见到伯格整个下午都和他的女儿艾琳娜在一起。
12月6日，伯格被带到Abstergo费城研究所的一间密室中，他在这里见到了利蒂希娅.英格兰。在这里，她将他晋升为圣殿骑士大师，并介绍他加入了圣殿骑士内殿团，但她同时也让丹尼尔.克洛斯给伯格注射了一块纳米追踪装置，这样他们就能监控他的所有行动。
四天后，尤哈尼与韦迪克、利蒂希娅、丹尼尔和其他数名圣殿骑士行动部特工在费城会面，英格兰表示他们已经找到了刺客的领导人威廉.迈尔斯的位置，他正在埃及开罗。稍后，伯格与一支小队被派遣去抓捕威廉。
12月12日，伯格领导重组的西格玛小队在开罗的一间博物馆里将威廉逼入绝境，成功地俘虏并将他回了Abstergo。
2013年11月，伯格使用Abstergo娱乐蒙特利尔工作室的Helix回溯了已知最后一位“黑色十字”艾伯特.波登的记忆。他们在印度突袭中获得的情报显示艾伯特.波登是最后一名已知拥有“光之山”的人。伯格和维奥莱特曾希望达列斯.吉福特的盒子中装着它，但实际上并没有，这条线索也就断开了。
伯格搁置了调查，因为圣殿骑士必须有足够的耐心等待并节省资源直到新的证据出现。他表示找到任何一名波登的后裔都需要时间，并应该将此之前的时间投入到其他研究中，也许有必要考虑复活“黑色十字”头衔的可能性。
“黑色十字”是圣殿骑士其中一个支派被赋予的头衔，主要任务是与各个分册的最高大师维护圣殿骑士的原则与理想。“黑色十字”除了负责执行内殿团的命令，视情况可使用任何必要的手段、致命的武力来处理腐败的圣殿骑士成员。“黑色十字”的次要任务则是配合行动部为内殿团追踪伊甸碎片的下落。身为圣殿骑士内独立的执法者，几个世纪以来，很少有人拥有“黑色十字”的头衔，但波登家族的人数居多。
2013年11月17日，越来越关注朱诺以及第一文明的仆从威胁的伯格和维奥莱特来到了巴黎，试图用圣裹布引出康苏斯来获得关于朱诺的信息并了解她的动机。两人无视内殿团的指令，渗透入设施，而内殿团对于朱诺的威胁并不在意。伯格逼问格拉玛提卡失败，但他允许了两人审问康苏斯的行为，康苏斯却警告了他们朱诺的危险性和匿踪性。
2014年10月，伯格告诉利蒂希娅，盖文.班克斯发动了一场针对巴黎实验室的袭击，以破坏有关圣者约翰.斯坦迪什的遗体，该行动以实验室被摧毁而告终。伯格和索金追踪刺客来到了拉罗谢尔，并登上一艘船守株待兔，但仍被刺客们逃脱。在逃离前， 加林娜.沃罗宁娜重伤了索金。经过考虑，伯格向利蒂希娅建议让西格玛小队暂停攻击，后者同意并承认了自己的失误，将西格玛小队的权限交予伯格。伯格还向利蒂希娅请求将维奥莱特.达科斯塔重新编入西格玛小队，但遭到了拒绝，因为达科斯塔正忙于升级Abstergo娱乐的安全系统和防火墙，因为博学者，刺客以及第一文明的仆从给他们制造了太多的麻烦。伯格同意前往蒙特利尔，帮助维奥莱特执行任务，以便使她能够尽快回归西格玛小队。
2014年，尤哈尼.奥托.伯格以“独立合同人”的名义接管了位于加拿大蒙特利尔的Abstergo娱乐的安全部门。他与维奥莱特.达科斯塔合作，暗中监视一名Helix研究分析员对谢伊.派崔克.寇马可的基因记忆进行探索。当分析员对谢伊记忆的同步完成后，伯格让他将谢伊清洗殖民地刺客的片段传输到了现代刺客的网络上，在刺客们中间引起了恐慌。之后，分析员来到了大厦顶层的CCO办公室，在那里，梅兰妮、维奥莱特和伯格为他召开了一个小型庆功会，并告诉他三人都是圣殿骑士，伯格掏出手枪指着分析员，给了他一个选择：加入圣殿骑士，或是死亡。
伯格暗中利用谢伊记忆制成的视频一事导致刺客撤离了数个藏身处，关闭了若干服务器，设立起了新的防火墙并第一时间内撤出了部署在蒙特利尔的刺客成员。伯格监视着手下内线与 “起始”成员间的联络，看着他们逃跑，以及确认他们逃往何处。这些事情最终导致“起始”组织在蒙特利尔的多名成员遇害，并且双方对这一“事变”的记录文件也屈指可数。
2015年，贝格暗中使用谢伊记忆的行为导致刺客与“起始”间的战略合作关系遭到了冲击与破坏。他们当中较为富裕的公民遭到了Abstergo的审计曝光，在高等教育机构中的公民则面临预算削减与来自主管部门及课程的阻力。因此，主教通知她下属的“起始”成员与世界各地的刺客，威廉.迈尔斯已经决定启动《屋顶花园协议》，他们及时关闭了网络中一切无关紧要的通讯。
在伦敦事件后，伯格被叫往利蒂西娅.英格兰的办公室，接着它被下令将先行者之盒送往阿尔瓦罗.格拉玛提卡的秘密实验室中，该地点的坐标会在之后由格拉玛提卡发送给他。伯格遵从了指示，而在向博士表达了好奇后，格拉玛提卡回答说他打算将盒子用在凤凰计划中，希望以此来获取更多对圣裹布的知识。
私下里伯格认为“黑色十字”很像是圣殿骑士从刺客兄弟会移植来的一个分支，为了复活“黑色十字”，他决定仔细研究刺客的生活，2017年2月，贝格已经完全适应了“黑色十字”的角色，白天完成他的公务，晚上在“黑色十字”后人安德烈.波登的帮助下，铲除圣殿骑士中的腐败势力。
在香港，伯格和维奥莱特.达科斯塔被派去调查一处已被改造成档案室的前 “凤凰计划”大楼，一队刺客之前在此处被袭杀。工作人员由于过节放假，而值班的警卫被杀死在浴缸中，所以现场并没有目击者存在。伯格不知道是第一文明的仆从干的，便疑惑为什么会有一支小型军队在此处对抗刺客。之后他让维奥莱特贿赂当地警察来让他们继续呆在这里调查直到第二天早上，然后返回酒店房间过夜。
伯格换上了“黑色十字”制服，并找到一个Abstergo护目镜收为己用，回到了大楼独自进行调查。在波登的帮助下，他发现了圣殿骑士的科技和刺客武器都曾被这些袭击刺客的神秘势力使用的证据。
在伯格回到蒙特利尔后，他和维奥莱特深入谈论了在香港发生的奇怪事件，伯格仍然纠结于为什么刺客会在那种地方遇到一个神秘实力。突然他们两人及身边所有圣殿骑士的手机都被黑入并显示“黑色十字”的标志。
伯格意识到内殿团要在附近召开一个隐秘的会议，便让安德烈假扮成“黑色十字”进场来保护他的秘密身份。在会议上这名“黑色十字”拒绝透露身份，表明了自己受命于最高大师、独立于内殿团的立场，并告诉内殿团圣殿骑士已经被内奸渗透。伯格佯装被他的无礼激怒冲向他，但却被他打倒。最后“黑色十字”警告内殿团说他们都有嫌疑，并说自己之后会再次回来调查，便扔下烟雾弹消失了。
伯格回到公寓后，先与女儿艾琳娜和前妻赫米通了电话。在波登穿着“黑色十字”的服装回来后，便与他交谈起来。因为这次事件，让内殿团其他成员相信伯格与“黑色十字”并非同一人。接着伯格向波登透露说他在香港找到的护目镜是来自欧洲分公司，于是他决定前往柏林进行深入调查。
伯格找到了制造护目镜的Abstergo工程师海因里希.哈特，也目睹了刺客加林娜和哈兰对他的审讯。在二人离开后他跳下来再次询问香港之战的内情。然而当他透露到自己刻意给“黑色十字”留下线索时，海因里希抽出自己的电击鞭向伯格发起攻击，虽然很快被制服，但他直到最后才透露自己实际上是第一文明的仆从一员，并启动了一枚烈性炸药引爆整栋大楼，伯格在爆炸前跳出大楼掉到了外面的河里。
伯格从那场在柏林死了170人的大爆炸中幸存了下来，回到自己的公寓，发现安德烈正在等他。伯格对于渗透入的间谍越来越失去耐心，而安德烈建议他如果想要找到内奸，可以去核查Abstergo的账目异常。如果真有其他势力在挪用Abstergo的资金，那么钱必定会转移到本不应该到的地方。
伯格遵循了波登的建议，发现钱的确是从Abstergo在日内瓦的账户中进行转移的，便来到日内瓦会见那里负责的银行家。在那里他看到了刺客米歇尔.勒迈尔也在调查刺客的账户。当米歇尔得知伯格也在那后企图逃离，却被埋伏着的伯格抓住带到楼梯间，伯格想知道为什么Abstergo的资金会转移到刺客那里去，但米歇尔发誓不知道。
米歇尔随后带着伯格回到了刺客的藏身处。伯格刚到那里，就被他2015年在白金汉宫交过手的老对手加林娜痛打了一顿。他稍后和刺客们在餐馆里见了面，讨论日内瓦遇袭一事的细节。他告诉刺客们，在目前的情况下，他无法向Abstergo寻求帮助，而他和米歇尔都是追踪着圣殿骑士的资金流向才前往日内瓦的。
伯格提出，在香港袭击夏洛特的和在日内瓦袭击他的是同一群人，因为这两批人都是由扎斯迪普本人所带领的。当加林娜问伯格，他为何认为自己可以信任刺客时，他回答说他已经没有选择了，当所有的选择都糟糕透顶时，能够预计到结果的选择就是最好的选项。已经见识过第一文明的仆从的实力与手腕的夏洛特接受了伯格的提议，说他们可以从定位“光之山”开始。
回到藏身处，伯格用圣殿骑士方面的研究与发现为刺客的研究提供帮助，却遭到了拒绝。刺客们认为他其实什么都没有发现。而在双方为了彼此的理念与阵营发生争论的时候，阿伦德找到了一张老照片。照片里，西班牙刺客伊格纳西奥.卡多纳站在一名士兵旁边。伯格认出了站在士兵另外一边的那个人，那正是“黑色十字”艾伯特.波登。
在这个时候，夏洛特失去了同步，离开了Animus。她还没有从与朱诺间的对抗中完全恢复过来。她叫伯格暂时离开她的视线，这样她才能集中精神，贝格回应说他要去和格尔尼卡.莫尼奥谈一谈。格尔尼卡.莫尼奥是一名“博学者”的成员，暗地里却是第一文明的仆从。
伯格一边与莫尼奥玩着叠叠乐，一边交换着彼此对于各自目标与阵营的看法和观点。莫尼奥在游戏结束的时候不经意地说出了他们对朱诺效忠的事实，伯格在离开房间前对他表示了感谢。随后他收到了一份安德烈寄来的血液样本。通过这份血液样本，贝格重历了艾伯特.波登在西班牙内战时期追寻“光之山”的经历，接替了无法继续重历卡多纳记忆的夏洛特继续进行研究。
在波登的记忆中找到“光之山”的位置后，伯格退出了Animus，要求刺客深入挖掘他们资料中关于格劳西亚.阿科斯塔的信息。他之后联系了安德烈，请安德烈继续监视阿尔瓦罗.格拉玛提卡的实验室，如果实验室里的人准备用复制出来的身体复活先行者的话就立刻通知他。然后伯格告诉刺客们“光之山”被埋在西班牙巴塞罗那南部六十英里远的一处山坡的大片遗迹下，一旦第一文明的仆从抢先找到了“光之山”，那么他们就可以复活朱诺，收集到其余的伊甸碎片。伯格和刺客们随即做好了准备，为了夺回“光之山”而向西班牙出发。
“如今的刺客兄弟会软弱无力，我迟早会找到他们的余党，把他们全部铲除。但仅仅处死是不够的，我要让他们知道自己到底有多无力，而且还要让每个人都看到他们受折磨，所以当他们最终遇到我的那天，会很欢迎我给他们带去死亡。”
Chapter 3. 秩序之链禁锢自由 1
1937年，圣殿骑士建立了Abstergo公司，自此将其作为教团的掩护企业。
一切从未改变。
艾伦.里金是一个1951年出生的英国人。后来，他加入了圣殿骑士，并晋升为团长，成为了Abstergo公司的高级雇员。1980年，里金在结婚后，和他的妻子有了一个女儿，并取名为索菲娅.里金。在此期间，他策划开发了”Abstergo基金会的30年规划“，以寻求抑制人类自由意志的方法，并将世界置于圣殿骑士的完全控制下，同时将刺客兄弟会从地球上抹除。
1984年，索菲娅的母亲遭到了暗杀，里金成为了一个鳏夫和单亲父亲。随着他妻子的离去，里金变成了一个更加冷酷的人。他是一个有远见而又有控制欲的父亲，里金在家里加强了安保工作，确保索菲娅在家庭管理下接受私人教育，并禁止他的女儿和那些“普通的孩子”玩耍。索菲娅会在晚上尖叫，她担心刺客让她彻底成为孤儿，但里金却总忙着去Abstergo工作，无暇顾及到自己的女儿。
Abstergo公司的工作让圣殿骑士追踪到了一个他们已经寻找了数百年的伊甸苹果，而他们相信这个特殊的苹果可以直接使圣殿骑士的努力达到最终阶段。他们得知这个被称作“碎片”的苹果曾出现在15世纪西班牙刺客阿吉拉尔.德内哈手中。但在这些年里，阿吉拉尔的血脉最终只剩下刺客玛丽.林奇一支。
1986年，里金带领一个小队来到墨西哥抓捕玛丽.林奇。他们本想将玛丽放入Animus中来找到碎片的线索，但他们来迟了。他们没来得及阻止玛丽用自杀来对抗记忆读取，也没有找到她已经成功逃走的儿子卡勒姆，只捉住了他的丈夫约瑟夫。
在千禧年的时候，沃伦.韦迪克发邮件通知里金说丹尼尔.克洛斯在杀死刺客的导师后，回到了Abstergo在费城的设施中。 2010年，威廉.迈尔斯给克莱.卡奇马雷克下令黑进里金的私人电脑，希望获得一些关于Animus项目的信息。
里金在前Abstergo公司首席执行官于2012年去世后接替了他的位置。在录音带中，里金的前辈鼓励他在接受前最高大师们的知识之后继续前行，并提醒里金自由市场将会崩溃，所以他需要在世界陷入混乱前尽早建立新世界秩序。
那一年末，Abstergo因测试新氟化物的丑闻而受到打击，美国政府威胁要冻结公司的资产，再加上丹佛国际机场事故后又损失了一个伊甸苹果，形势的严峻迫使他们加快了发射“Abstergo之眼”的准备工作。
2012年前后，里金同时监视着沃伦.韦迪克和露西.斯提尔曼的“Animus计划”，并审查了从第12号到第16号实验体获得的数据。他对于戴斯蒙.迈尔斯—Abstergo的第17号实验体—还需要多花几天的时间同步记忆以找到伊甸碎片的下落而感到沮丧，他们将获得的其中一颗苹果放入卫星“Abstergo之眼”为其供电。
里金、大卫.吉勒曼和亨利.利曼在刺客攻击失败的第二天来到了罗马的“Animus计划”实验室。韦迪克获得了必要的记忆，里金告诉他会派遣人员去收集他们，如果刺客得到其中的任何一个，都将会对圣殿骑士创造的新世界造成麻烦。
他同时下令处理掉戴斯蒙，但是露西反驳说仍然需要他的基因记忆以获取关于更多有关这些位置的信息，因此里金决定延期对戴斯蒙的处理。
2012年12月17日，当利蒂希娅.英格兰报告戴斯蒙在曼哈顿窃取先驱者动力源后，里金与她进行联络。
里金与奥利维耶.加尔诺Abstergo娱乐的首席文化官相识于2013年，并在同年与他联系以了解关于观测所的进展。
2014年，奥利维耶.加尔诺在离开公司前往芝加哥的股东会时失踪，不久后里金发了一条信息给梅兰妮.勒梅，祝贺她成为阿布斯泰戈娱乐的首席文化官。由于她辛苦的工作，里金给她加薪并亲自表示，期待着与她在未来的工作。
里金在备忘录中写道他会以“守护者”的身份和其他两名守护者协商交涉，然后将信息传达给十字统领，而后者将会在一周之内通知格拉玛提卡。他也写道如果格拉玛提卡没有收到来自十字统领的任何消息，他会继续他的计划，他会联系古巴、墨西哥和美国的教团大师来控制局势。
2015年10月27日，里金和伊莎贝尔.阿尔当简单开了一场私人会议。在维奥莱特.达科斯塔从白金汉宫的墓穴下取回圣裹布后极大推动了凤凰计划，里金后来再次与阿尔瓦罗.格拉玛提卡取得联系。
山雨欲来。
1980年，Abstergo公司开始了由沃伦.韦迪克领导的阿尼穆斯计划，计划探索实验体的祖先记忆以发现刺客及伊甸碎片的秘密。而他在“Animus计划”中的地位，最终使他成为了Animus的发明者,并由此成为了世界基因记忆研究领域的领军人物。数十年间，他一直致力于为Animus 计划寻找实验体，以便探索他们的基因记忆。
7月29日 Abstergo的“代理人方案”通过了第二十三次测试，这一测试通过读取他人祖先记忆来进行。项目主管艾琳.博克通过她儿子的遗传信息读取玛丽安.库尔茨的记忆。
韦迪克从上世纪七十年代直至2012前于基因记忆领域的主要研究进展都是建立在他对自己的竞争对手——“代理人方案”的领头人艾琳.博克的破坏工作，以及采用强制手段在背离他人意愿的前提下将他们作为Animus实验体进行记忆探索的基础上。
该计划从20世纪80年代初开始，由项目主管艾琳.博克牵头，围绕利用捐赠的遗传物质来探索历史的原则；在这个理论中，任何试验体都可以访问该捐赠者祖先的记忆，而不需要与相关历史人物有直接的生物学联系。该计划从博克的儿子谢默斯那里借到了第一份基因样本。博克以自己为试验体，探索了她前夫的母亲米里安.克兹在第二次世界大战期间被囚禁在纳粹德国期间的记忆。
博克将该项目视为早期“Animus计划”的“穷亲戚”，因为该项目获得的资金较少，而且依赖于与沃伦.韦迪克的合作。然而，有迹象表明，她们在其中一段记忆中发现了伊甸碎片，这引起了Abstergo公司的注意，公司保证，如果能得到进一步的信息，项目资金将增加三倍。
然而，该项目失败了。1981年 8月9日 在第二十七次代理人实验时，艾琳.博克因事故而身受重伤，导致计划被中断。她在其中一段记忆中经历了一个创伤性事件，引起了现实生活中的身体反应。尽管Abstergo的工作人员尝试过挽救她，但在她的研究过程中，博克似乎遭受了身体创伤和可能的脑损伤，迫使她“退休”和计划的暂停。但在1981年至2013年间，Abstergo重新启动了该领域的研究，“代理人方案”，加上数据转储扫描器的改进，无疑为2013年开始的第17号样本项目奠定了基础。
为了让他的“Animus计划”保持领先于“代理人方案”，沃伦.韦迪克用微型的录音带与隐藏的麦克风来窃听博克的办公室以记录与“代理人方案”有关的会议，并将详细信息转移到超过160小时的开盘式录音带上，这些磁带在他于2012年12月被刺客戴斯蒙.迈尔斯杀死后在他的家中被发现并进行了分析，随后在Abstergo主机中存档，最终在2013年底由一位Abstergo娱乐研究员通过黑客入侵发现并访问。
2014年，在被威廉.迈尔斯问到时，埃米特.利里透露，他曾是一名负责代理人方案的技术人员，但在该计划被取消后离开了Abstergo。
虽然韦迪克本人就是“Animus计划”的第2号实验体，但是计划中的其他实验对象大多都是被绑架而来。这些实验体中最为特别的就是那些拥有刺客血统的个体——比如丹尼尔.克洛斯，克莱.卡奇马雷克，以及戴斯蒙.迈尔斯。
1983年，Abstergo公司绑架了一个小男孩，这个男孩是刺客后裔，他们将他命名为丹尼尔.克洛斯，并标识为实验体4号，沃伦.韦迪克博士在丹尼尔的大脑中植入了一种神经冲动，使其成为了一名“沉睡者”，强迫他在不知不觉中进入刺客组织的高层，一旦有机会就设法刺杀导师。
丹尼尔随后对刺客导师进行的刺杀以及他带着世界各地刺客藏身处情报返回的行为直接引发了2000年圣殿骑士对刺客进行的“大清洗”，可以说，在这次事件中，韦迪克是首恶的存在。
韦迪克拥有内殿团的身份，同时他也全力投身于圣殿骑士希望借由发射“Abstergo之眼”以完成 Akashic卫星网络并最终建立世界新秩序，即统治世界的计划。 “Akashic卫星网络”计划启动于2008年，表面上是一个由多级通讯、气象和观测卫星组成的网络，但网络的防御体系十分出色，可以在有太阳耀斑的情况下正常工作。该卫星网络也包含有扰码器，用来阻止标准的卫星图像定位Abstergo工业园区的各种设施。
2012年12月21日，Abstergo公司计划发射“Abstergo之眼”，将其安置到卫星网络中，Abstergo公司对外宣称这是一颗商业通讯卫星。作为 Akashic卫星网络的基石。此举将以倍数放大伊甸苹果的作用。虽然刺客们认为该网络的主要目的是为了控制世界，但Abstergo的高层内部文件中却否认了这一观点。卫星网络的重点在于定位那些“有潜力的人”。
这个计划听上去很好，但根本不可能成功。因为先行者也曾做过同样的事，却发射了十几颗伊甸苹果也未能达到目的。
韦迪克也因此接下了一个非常重要的任务——寻找一件可以用于 “Abstergo之眼”上的伊甸碎片，而在2号苹果消失于丹佛国际机场事故后，这个任务变得尤为紧迫。
2012年9月，在韦迪克的第16号实验体，克莱.卡奇马雷克因“出血效应”自杀后，他绑架了刺客后裔
戴斯蒙.迈尔斯补缺，而戴斯蒙在他祖先的记忆中找到一副标示了世界各地的伊述神殿的地图前，韦迪克一直在强迫他进行高强度的记忆探索。这还不算，之后韦迪克便放任刺客们救走了戴斯蒙，希望他安插的双面间谍露西.斯提尔曼能够窃取戴斯蒙在合作态度下找到的任意一件伊甸碎片。然而，名为“塞壬计划”的这项卧底行动，最终还是以露西的死亡宣告了流产——而杀害她的凶手，正是取得苹果后被伊述遗民朱诺控制了身体的戴斯蒙。
不过这次失败对韦迪克的信心几乎没有任何打击——在“塞壬计划”进行的同时，他又开展了“Animi训练计划”，用以快速训练行动部新人，其中一人便是尤哈尼.奥托.伯格，他曾是一名芬兰雇佣兵，而在接下来的日子里，他将成为教团羽翼下最为致命的刀刃——此后的伯格也的确不负上峰所望：借由他的出动，韦迪克终于在2012年12月12日抓到了戴斯蒙的父亲，威廉.迈尔斯，并打算以他的性命为筹码让刺客们交出戴斯蒙找到的伊甸苹果。然而他的如意算盘还是没打成：两天后，戴斯蒙带着苹果单枪匹马杀进了韦迪克所在的Abstergo罗马分部，并当着他的面用苹果控制了周遭的守卫，我们的第2号实验体就这样看着自己机关算尽企图取得的伊甸碎片，死在了自己人的枪口下。
戴斯蒙在杀死韦迪克后问父亲，韦迪克的死亡是否会对圣殿骑士造成打击。威廉思考片刻回答说可能并不会如此，因为Abstergo还有其他像韦迪克一样有能力的人。 尽管如此，韦迪克之死还是破坏了内殿团的结构和秩序，他的继任者兼竞争对手阿尔瓦罗.格拉玛提卡再无力无法将圣殿骑士统一到一个目标之下。
Chapter 3. 秩序之链禁锢自由 2
“塞壬计划”是圣殿骑士为了获得更多关于第17号实验体戴斯蒙.迈尔斯信息的计划。当Abstergo还在寻找戴斯蒙时，其主管沃伦.韦迪克就已经预料到戴斯蒙不会主动配合他的实验，因此设计出了“塞壬计划”。
韦迪克和他的助手露西.斯提尔曼决定如果戴斯蒙的实验不顺利，他必须离开Abstergo在梵蒂冈的设施。露西将联系肖恩.黑斯廷斯和瑞贝卡.科瑞恩——两名不会对她身份起疑刺客伙伴——然后将戴斯蒙带到他们的藏身处。
韦迪克和露西希望戴斯蒙在刺客中能感到更安全，可以更快速地进入他祖先的记忆——那些Abstergo渴望得到的记忆。一旦刺客得知了伊甸苹果的地点，露西就会联系韦迪克。
计划最终还是失败了，因为在戴斯蒙接触到古罗马斗兽场地下神殿里的苹果后，朱诺就控制了他的身体并用袖剑杀死了露西——虽然戴斯蒙此时并不知道露西的真实身份。
利蒂希娅.英格兰是2012年时Abstergo公司行动部的一名高级行政主管，也是圣殿骑士内殿团成员之一。她的办公室是一间自1937年公司成立起便开始装点布置的秘密房间。
在沃伦.韦迪克通过Animus对尤哈尼•奥托•伯格进行训练后，利蒂希娅在她的办公室里欢迎了那些在训练中表现十分优秀的新成员，并揭示了她对他们的要求：他们将在第一线战斗，消灭刺客兄弟会。
在她的命令下，圣殿骑士丹尼尔.克洛斯，向伯格手臂上注射了一支芯片。利蒂希娅告诉他，圣殿骑士需要确保他们可靠的特工在世界各地行动，从此刻教团将监视他们的每一次行动。
当Abstergo定位了刺客领导人威廉.迈尔斯时，韦迪克和利蒂希娅将所有行动部特工召集到她的办公室里，并下令组建了一支“弥补小队”。 在任务结束后，她指责了伯格没能及时抓捕威廉。伯格解释称，当时的威廉伪装成大学生的带队导游。他不希望牵扯到那些无辜的孩子。为此，利蒂希娅用伯格的女儿来威胁他，故意提到艾琳娜的显著恢复，这让贝格很不高兴。
2012年11月17日，利蒂希娅惊慌地打给韦迪克，询问关于戴斯蒙.迈尔斯在曼哈顿一间大楼发动的突袭，她十分担心丹尼尔是否也卷入其中。
2013年，在利蒂希娅推动下，Abstergo娱乐利用Animus来定位观测所的位置。尽管她希望立刻得到结果，但奥利维耶.加尔诺和梅兰妮.勒梅回答这需要一定时间，但还是承诺让最好的员工之后传送这段记忆。
2013年底，利蒂希娅.英格兰再一次解散西格玛小队，并将维奥莱特.达科斯塔送往Abstergo娱乐加强安保设施，而让伯格到世界各地寻找伊甸碎片。
2014年10月，利蒂希娅在巴黎实验室被攻击后，听取了伯格重组西格玛小队的建议，并承认了自己的失误。但她不同意将维奥莱特重新编入西格玛小队，于是伯格自愿前往Abstergo娱乐提供保护。
利蒂希娅在调查Abstergo娱乐的产品时无意间发现了朱诺的图像。她通过电话与一位身份未知的人谈论了她的调查情况，并暗示自己甚至尝试与博学者取得联系以弄清楚那个图像是什么。
在圣殿骑士重新发现先行者之盒后，利蒂希娅将伯格叫到办公室，命令他将先行者之盒带往她也不知道位置的阿尔瓦罗.格拉玛提卡的秘密实验室中。在伯格离开前，利蒂希娅重申了行动的保密性。
2016年10月，利蒂希娅出席了西蒙.海瑟威加入内殿团的会议。十天后，利蒂希娅等人出席了另一场关于指控海瑟威的会议。而海瑟威在途中突然闯入并打断会议，接着解释了关于自己叛逃的事情。包括利蒂希娅在内的半数成员都相信西蒙的行为是为了圣殿骑士的利益而为，并投票撤销对他的指控。
Chapter 3. 秩序之链禁锢自由 3
“凤凰计划”是Abstergo公司起始的计划，目的是破解并定序出完整的伊述三螺旋基因序列，再通过Animus探索基因记忆。该计划于2013年晚些时候，随着潜入蒙特利尔Abstergo娱乐的圣者约翰.斯坦迪什的死亡后开始进行。在检查他的身体发现了先行者的DNA后，Abstergo开始记录圣者的过去和现在，以利用他们高浓度的伊述DNA作为基础制作出复制人，让先行者重临世间。
负责人阿尔瓦罗.格拉玛提卡曾提到，“凤凰计划”的灵感来源于英国科学家罗莎琳.富兰克林于1952年提出的DNA三螺旋模型。这一模型理论尚未完善，便随着DNA双螺旋理论的建立而遭到轻视，富兰克林的研究成果完全被世人忽略了。
多年来，富兰克林的DNA模型被斥为谬论，直到阿尔瓦罗对已故圣者约翰.斯坦迪什的基因进行分析，发现他拥有大量的三螺旋DNA分子。由此可见，富兰克林的研究并非完全错误，而仅仅是因为采集了人体中少部分的第一文明DNA作为样本而受到了误导。
1965年，阿尔瓦罗生于墨西哥城。17岁时，他就已经取得了物理和计算机科学的最高学位，并最终成为了一名机械工程学和生物学的专家。
阿尔瓦罗在2008年被招募进入Abstergo，从事有关Akashic卫星网络的工作。2009年，他创造了数据转储扫描仪，并将这一技术与Animus相结合，最终发明了Helix。他的迅速崛起，与Abstergo元老，也是他的圣殿骑士同僚沃伦.韦迪克博士形成了强烈的竞争关系，他总想通过一些事情来“杀一杀老顽固的威风”。
2011年，阿尔瓦罗得到了内殿团同伴伊莎贝尔.阿尔当的协助，她在丹佛国际机场事故后给了他一块表面上已经损坏的圣裹布修理，以让他之后能够交给艾伦.里金这件重要的伊甸碎片来提高两人的地位。阿尔瓦罗欣然接受了她的提议，因为这样也许可以挫败韦迪克的“Animus计划”。
2012年，阿尔瓦罗得到了最初的圣裹布，他身穿圣裹布向自己开枪，触发了伊甸碎片治愈创伤的功效，一位先行者的灵魂出现并占据了他的身体。伊莎贝尔.阿尔当随后派西格玛小队的维奥莱特.达科斯塔同阿尔瓦罗配合，阿尔瓦罗再次开枪击中了身穿圣裹布的维奥莱特，一位自称“康苏斯”的先行者随即占据了她。阿尔瓦罗同先行者进行了交谈，但当维奥莱特的伤被治愈，谈话也随之结束。在得到维奥莱特的同意后，格拉玛提卡再次打伤了她。
2012年韦迪克死于罗马后，阿尔瓦罗希望将Abstergo的所有资源用于“凤凰计划”上，甚至不惜叫停其他项目，内殿团为此产生了分歧。阿尔瓦罗无法像韦迪克那样，让整个圣殿骑士朝着同一个目标迈进。
2012年12月21日，在他像平时一样通过维奥莱特的身体与康苏斯对话时，康苏斯告诉阿尔瓦罗朱诺已经从大神殿中逃脱。此时康苏斯近乎精神失常，声称一切都完了，而为此感到困惑的阿尔瓦罗想让他解释他所说的意思，但这时圣裹布治愈完成，康苏斯消失了。
2013年，维奥莱特和西格玛小队队长尤哈尼.奥托.伯格给阿尔瓦罗服下药剂以使用圣裹布向康苏斯询问朱诺以及其仆从是否是一个严重的威胁。而让他们惊讶的是，阿尔瓦罗并未受到药物影响，并在他们正要使用圣裹布的时候发现了他们。之后他询问伯格为什么要闯入他的办公室，在得到的答案另他还算满意后他便同意两人继续试验。伯格射击了使用圣裹布的维奥莱特，这时康苏斯出现了。伯格问他有关朱诺的事情，发现她曾使用康苏斯之前的研究成果来让自己的意识藏匿于系统内部的灰暗之境。阿尔瓦罗断定威胁近在眼前并值得深究。
年底，维奥莱特将约翰•斯坦迪什的尸体交给阿尔瓦罗，让他在执行“凤凰计划”的同时帮助复制一具先行者的身体。
为了得到更精确的研究成果，阿尔瓦罗建议Abstergo寻找更多与约翰.斯坦迪什类似的人，并且通过透露一些机密研究成果来吸引投资商的支持。同时，Abstergo也在四处寻找含有圣者DNA的血瓶 ，这些血瓶若能妥善保存至今，那么将会提供纯度最高的遗传因子样本。
阿尔瓦罗经常联系Abstergo娱乐的首席文化官梅兰妮.勒梅以寻求建议，看法以及更加重要的——有关圣者位置的线索。在他的授权下，Abstergo娱乐的罗伯特.弗雷泽开始研究分析亚诺.多里安的基因记忆。
阿尔瓦罗还向梅兰妮.勒梅介绍了如何用公司独有的网络检测系统处理那些闯入Abstergo娱乐Helix网络的黑客们。当系统生效后，会让闯入者们休克甚至死亡。然而一位Helix用户绕过了这个防御系统，解救了他的同伴们。
10月13日，巴黎实验室遭到了刺客的袭击。身穿圣裹布的阿尔瓦罗遭遇了肖恩.黑斯廷斯和加林娜.沃罗宁娜，二人毫不迟疑地将他当场杀死。当刺客们离开后，尽管圣裹布已经无法修复这具支离破碎的身体，康苏斯却还是将阿尔瓦罗复活，后者则因为圣裹布的损毁而悲伤不已。
2015年，阿尔瓦罗与伊莎贝尔.阿尔当合作，在伦敦找到了另一块圣裹布。在取回碎片的行动中，阿尔当遭到了刺客们的偷袭，维奥莱特.达科斯塔携带圣裹布撤离。得到了碎片后，阿尔瓦罗欣喜若狂，透露他打算使用其复活第一文明原住民，并会向艾伦.里金汇报自己的进展。
在阿尔当被杀、圣裹布被取回后，阿尔瓦罗进入了了一处秘密设施，在完全保密的情况下继续着“凤凰计划”的研究。即使是其他的圣殿骑士——比如利蒂希娅.英格兰——也不知道他的确切位置。然而，阿尔瓦罗却给伯格发送了他的坐标，让他把先行者之盒护送至他的实验室。之所以如此，是因为阿尔瓦罗相信先行者之盒可以帮助他更好地理解圣裹布中蕴藏的科技。
2016年10月，阿尔瓦罗以视频形式出席了西蒙.海瑟威加入圣殿骑士内殿团的会议。十天后，在艾伦.里金以异端罪指控他的圣殿骑士同僚海瑟威时，阿尔瓦罗站在了里金这边。然而，除阿尔瓦罗外，只有大卫.吉勒曼和阿尔弗雷德.斯特恩斯仍支持里金，这使他别无选择，只得放弃对海瑟威的指控。
2017年3月， 维奥莱特.达科斯塔和一些第一文明的仆从以安德烈.波登作为人质，在阿尔瓦罗的实验室找到了他。维奥莱特告诉他，他们是为“凤凰计划”而来。
Chapter 3. 秩序之链禁锢自由 4
西蒙.海瑟威有着一个显赫的圣殿骑士祖系，他的祖母曾在温斯顿.丘吉尔的陆军部背后秘密工作过，他在追求历史学家生涯前一直在追逐着前辈的脚步。他从剑桥毕业后便到了Abstergo公司历史部门工作，并成为了同是剑桥学生的伊莎贝尔.阿尔当的下属。他也和当时还是外勤特工的圣殿骑士同伴阿娜雅.乔达瑞有过一段恋情，但他们的工作和对组织的忠诚让两人只得分手，结束这段关系。
之后，阿尔当变得对海瑟威印象深刻，并在文件中多次提到这位历史学家，从而引起了身为CEO和最高大师的艾伦.里金的注意。这对海瑟威进入内殿团并取代阿尔当的位置打下了基础。
海瑟威在2016年被引入内殿团。他刚刚在内殿团任职时，向其他八位成员发表了演讲，他提出Animus在搜寻刺客以及伊甸碎片时并未发挥全部潜力。当他看到诸如Abstergo娱乐的方法时——这些方法利用人们会在很大程度上无视他们在过去所目击事物的意义这一事实——更注重数据收集而疏忽了知识的应用，海瑟威认为，通过让像他一样能够欣赏所见的历史背景因而能够发现不为人所注意的线索的圣殿骑士回溯过去，便可以在短时间内取得更大的成效。
于是他提出理论说艾伦•里金陈放在办公室中的伊甸之剑在从最高大师雅克.德.莫莱流传到弗朗索瓦.托马斯.日耳曼和亚诺.多里安时中间遭到了损坏，而这柄剑正好也是圣女贞德在百年战争中使用的那一把。海瑟威相信如果他探索他曾与贞德共战的祖先加布里埃尔.拉克萨尔的记忆，他就能亲眼观察伊甸之剑的能力，从而在当下找到能够修复并激活它的方法。
里金故意只给了海瑟威一周的时间去测试运行他提出的历史研究部门的新研究方向，还专门指派了维多利亚.毕博协助他的工作，这直接导致给海瑟威的时间限制实质上减为了六天，因为毕博要花一天的时间从鹰巢赶往伦敦。鹰巢是Abstergo一处用于家系研究与获取部工作的设施，其主管是以赛亚。设施位于一处环岛旁，由五个相连的建筑物组成并且周围有一大片森林。毕博到后，两人在海瑟威最爱的“风暴”餐厅进行了正式会面并互相了解了各自的基本情况，之后他们又聊了一些关于“出血效应”的事情。毕博对海瑟威将要研究的那段历史知之甚少，因此海瑟威不得不为她概述了百年战争的过程和圣女贞德的事迹，这让他感到十分不爽。吃过早餐后，两人准备开始工作。
在通往历史研究部门的电梯上，海瑟威遇到了阿娜雅.乔达瑞——前Abstergo技术员，现在是公司的白帽黑客之一。这对曾经的情侣刚一见面显得有些局促和不知所措，尤其是还有毕博在场，但随后两人友好地交谈了几句，接着阿娜雅就走出了电梯。后来毕博对电梯里的这次见面发表了评论，显露出了和海瑟威相同的爱情观。出了电梯，他们走进了一间放有Animus的房间，技术员阿曼达.塞基博为他们详细讲解了这台Animus的使用方法，随后海瑟威在毕博的帮助下进入了Animus。
进入Animus的首次尝试中，海瑟威在加布里埃尔初遇让娜的那一刻猛烈地失去了同步。毕博分析了海瑟威大脑中释放出的化学物质，发现失去同步的原因不在西蒙自身，而是让娜身上散发出的对正处于青春期的少年的强烈吸引力。通过进一步的观察，西蒙发现，加布里埃尔和让娜都具有相当高比例的先行者基因，同时他还发现，他们的同盟让.德.梅兹是一名刺客。于是他意识到，自己的工作可能在刺客-圣殿骑士战争和DNA追踪两方面都具有很高的潜在价值，这让他更加有信心让里金对自己的工作展露兴趣。
里金认为海瑟威会在加布里埃尔.拉克萨尔的基因记忆当中找到不利于当前圣殿骑士行为路线的信息，便一直给他施压，并在后来试图派人杀掉海瑟威来终止他继续探索加布里埃尔记忆的行为。但海瑟威成功利用“出血效应”带着伊甸之剑逃脱，并在他找到圣心后闯入了内殿团为海瑟威的叛逃而召开的会议。在会议上，海瑟威重新提出了雅克.德.莫莱的教团思想，却遭到里金的异端指控，虽然有大卫.吉勒曼和阿尔瓦罗.格拉玛提卡以及阿尔弗雷德.斯特恩斯的支持，里金最终还是放弃了对海瑟威的指控。之后，他在前往马德里的途中吩咐欧米茄小队待命。
一场无尽的冲突，一桩古老的错误，一个全新的启示。
“我明白了真正的知识只能被真正渴望知识的人所掌握。我明白了权力必须由远离是非的人所行使，只有他们才能看得出交织着的规律。我还明白了智慧是由知识所引导的结果。”
索菲娅.里金， 1980年出生，科学家兼马德里Abstergo基金会主任。她也是Abstergo司CEO艾伦.里金的女儿。这对父女的关系并不十分融洽，艾伦是圣殿骑士内殿团的成员，但索菲娅对他们并没有什么太好的印象。
1984年，索菲娅的母亲被刺客所杀，这是她人生中第一次卷入兄弟会与教团的斗争。长大后的她有着优异的学习成绩，并最终决定追随父亲的脚步，加入圣殿骑士。
2006年，她结识了大学生蕾拉.哈桑，并介绍她进入了Abstergo的“青年创新者计划”。蕾拉对Animus有着极为浓厚的兴趣，索菲娅便答应她，有朝一日会把她调到研究Animus的部门。她利用蕾拉的研究对Animus做出了相当多的改进 ，两人因此结下友谊。然而，因为蕾拉屡屡违反公司协议，索菲娅最后没能实现她的愿望。
2014年，索菲娅被调往马德里，成为了Abstergo基金会的主任。她在那里研究人类暴力心理的成因及理疗方案。
2016年10月，索菲娅认识了刺客后裔卡勒姆.林奇。教团长老会对卡勒姆的基因记忆很感兴趣，命令索菲娅以朋友的身份接近他并进行相关研究。
同年，她亲眼目睹了父亲死在刺客卡勒姆.林奇的手里。
本已枯萎在时间里的仇恨种子在唯一的亲人洒落的血雨里破土而出，肆意疯长。
Chapter 3.5. 火种
蕾拉.哈桑出生于开罗，她的父母是阿什拉夫.哈桑和泽纳布.哈桑。蕾拉和她的家人在1989年前移民到了美国并在纽约皇后区定居下来，她和她的两个兄弟拉米和卡登一起长大。后来，蕾拉通过归化获得了美国公民身份。
大学辍学的蕾拉被索菲娅.里金发现，并被招募到为Abstergo公司工作，后者利用她的想法对Animus进行了新的调整。 在为Abstergo工作了11年后，由于她多次违反阿布斯泰戈协议，索菲亚没有兑现承诺将蕾拉升任到她期望的“ Animus计划”技术员。
2017年，作为一个历史研究团队的成员，蕾拉和她的同事兼朋友迪安娜.盖瑞被西蒙.海瑟威指派去从埃及的盖塔拉洼地中找回一个重要的伊甸碎片。
2013年12月16日，迪安娜曾被指派去采集米尔顿.琼斯的血样，并将其装入血瓶。之后，公司根据这些血样读取了米尔顿的基因记忆。记忆显示，米尔顿的祖先是18世纪的海盗刺客阿德瓦勒。在工作当中，迪安娜逐渐与热衷于研究Animus的蕾拉熟识。几天后，Abstergo娱乐发布了根据这些基因记忆所制作的游戏。
然而，蕾拉却发现了刺客巴耶克和艾雅的木乃伊。在没有通知她的上级的情况下，她用自己的便携式Animus来重现他们的记忆，以证明她对“Animus计划”的价值。
蕾拉为了工作不受干扰擅自切断了与Abstergo的通讯，公司联系不上蕾拉，便派出了西格玛小队寻找她和迪安娜。小队来到两人的住处，却发现了只身一人留在旅馆的迪安娜。他们以迪安娜为人质，试图逼迫蕾拉就范。一阵枪响后，通讯器陷入沉默，迪安娜生死未卜。在迪安娜被抓获并可能遇害的情况下，蕾拉利用她通过“出血效应”获得的能力击退了袭击者。
后来她被刺客导师威廉.迈尔斯发现，在蕾拉得知自己的处境后，她被提供了一个与刺客合作的机会。在没有其他选择的情况下，蕾拉同意了与兄弟会进行合作，但拒绝加入其中，两人随后一起前往亚历山大。
亚历山大之行后，蕾拉接受了刺客的理念并成为了兄弟会的一员。过了大约半年，她在寻找伊甸碎片的过程中发现了希腊最早的历史学家希罗多德一本遗失的书。在这本书里面，她了解到了一个挥舞着伊述武器——列奥尼达斯之矛的斯巴达雇佣兵卡珊德拉。
维多利亚.毕博在她与海瑟威的合作结束后便回到了鹰巢，通过因使用一套偷走的Animus而被西格玛小队抓回的四名少年肖恩、格蕾丝、大卫以及娜塔莉娅寻找三叉戟剩下的两个戟尖。但没有塞巴斯蒂安.门罗的Animus核心，毕博和鹰巢主管以赛亚无法精准定位他们祖先接触这些伊甸碎片的时间，只好分别将四个孩子送入不同的Animus中重温各自祖先的记忆。毕博亲自帮助娜塔莉娅回溯她蒙古祖先伯颜的记忆。
在这段时间里，毕博和以赛亚也在监视肖恩的大脑运动皮层，并向他承诺继续研究他的记忆可以为发明一种新型义肢创造条件，而之后维多利亚意识到这只是以赛亚用来诱惑肖恩以利用他的行为，并和以赛亚起了分歧。她在这期间一直提醒肖恩不要被“出血效应”的副作用所影响。
在大卫.柯林斯私自在鹰巢内闲逛被发现后，毕博也通过安保人员的回报得知了大卫的“梦游”行为，处于对大卫状态的担忧以及保守秘密的需要，她要求暂时对大卫进行观察，并叫人去核查当晚的监控记录。而在几天后以赛亚和毕博得知了监控的真实内容，大卫竟然靠自己走入了车库。于是以赛亚要求在晚上将这些少年的行动限制在自己的房间中。
在刺客袭击鹰巢后，大卫和娜塔莉娅逃离了设施，而以赛亚则抓捕了尝试救出那些少年的欧文和门罗。以赛亚用Helix给欧文看了他父亲被捕前的记忆，成功动摇了他对刺客的态度。
之后毕博在休息室见到了欧文、格蕾丝和肖恩，并建议肖恩继续回到Animus中。欧文拒绝让步，除非他能够见到门罗，而这也是以赛亚曾答应他的条件，但毕博对此一无所知。当欧文问及以赛亚在哪里的时候，毕博拒绝回答，但欧文和格蕾丝推测他应该是去了蒙古，因为那里是第二戟尖最后出现的地方。这引起了毕博的关注，不过当她听说欧文的记忆是条死路后对此感到失望。她告诉欧文她必须要等到以赛亚回来后才能再次见到门罗，并告诉肖恩继续同步他维京祖先斯泰尔比乔恩的记忆。
毕博在得知欧文、格蕾丝以及门罗逃出鹰巢后，联络以赛亚并跟着他们来到了蒙古。当她到达教团营地后才发现这里已经被遗弃了，只剩下门罗和其他五名少年。接着当她得知以赛亚得到了第二戟尖并带走了整个小队后，她也向他们透露说她在赶来的路上收到了以赛亚发来的信息说自己已经背叛了圣殿骑士，同时他也是拿走第一戟尖的人。随即她认出了哈维尔，也意识到了刺客就在此处，于是她带来的警卫们都开始警戒起来。在娜塔莉娅提出刺客与圣殿骑士合作对抗以赛亚的建议后，毕博命令警卫放下武器并与刺客谈判，格里芬便从帐篷中走出，同意维多利亚的休战条件。
在经历“优越事件”后，毕博离开了Abstergo，随后因其“空前丰富的专业知识”而被威廉.迈尔斯招募加入刺客。
2018年9月，一支由蕾拉.哈桑、高仓清志和维多利亚.毕博组成的刺客小队受命前往加拿大魁北克的圣母大教堂取回一件伊甸碎片。蕾拉认为碎片位于教堂的地下墓室，而毕博指出有价值的圣物通常会被移到祭坛中。进行侦察工作时，小队发现了一个问题——教堂正值黄金庆典时期，会挤满来朝圣的信众，这无疑加大了任务难度。最后小队决定在2018年9月7日的自行车赛时行动，因为届时警察会忙得不可开交。
当天，毕博融入教徒之中，帮助小队分散祭司的注意，慢慢靠近祭坛。高仓清志爬上教堂钟塔负责警戒，蕾拉则身着长袍混入教堂。数分钟后，小队成功得手并顺利脱身。
Chapter 4. 风起
“让我看看……父系线……十九世纪美国中西部，十八世纪美国独立战争,十六世纪奥斯曼帝国,十五世纪意大利文艺复兴！啊，我的天哪，你不会是……？ ”
2005年，在戴斯蒙.迈尔斯逃离“农场”并在纽约市定居后，他遇到了一个女人，并且在不知不觉中拥有了一个名叫伊利亚的儿子。
2015年10月，伊利亚的母亲带他到Abstergo公司在纽约的一家诊所就医，从而使Abstergo发现了他拥有的戴斯蒙的父系血统。
阿尔瓦罗.格拉玛提卡想要立刻绑架这个男孩并进行活体解剖，却遭到了伊莎贝尔.阿尔当的激烈反对，她声称这位年轻的圣者属于自己的项目并且这种决定是不人道的。她打算让Abstergo在他足够大的时候再绑架他，然后将他放入Animus五十年以研究他的血统。然而，阿尔当在能够实现这个计划之前就被杀死了。
在朱诺完全控制了第一文明的仆从后，这位伊述人和维奥莱特.达科斯塔派“里士满”去绑架伊利亚，把这位朱诺心爱的艾塔的最新化身带给她。“里士满”闯进了伊利亚的家，在厨房里刺死了伊利亚的母亲，然后把这位熟睡的男孩锁在卧室里。在被仆从们带回了伊述后，伊利亚被朱诺告知了他的真实身份和潜力，“里士满”被派去照顾他的起居。
2017年2月，伊利亚出现在袭击位于香港的巴因德拉.米特拉的刺客小队的神秘势力成员中。为了寻找“凤凰计划”的情报，刺客们闯入了位于一幢摩天大楼里的Abstergo办公室，但很快遭到了该势力的埋伏。他坐在桌子上，平静地看着眼前的屠杀，津津有味地吃着一个苹果，一边对着夏洛特.德.拉.克鲁兹说话，好像他们是很久未见的老朋友一样。
3月，在朱诺发现“光之山”在西班牙后，伊利亚参加了一场第一文明的仆从的集会并且与扎斯迪普.达米一起发表演讲，向人群宣传他们女主人的胜利。然而，维奥莱特.达科斯塔仍然对这位年轻的圣者持谨慎态度，认为他应该被监管起来，并警告朱诺说，这个男孩是戴斯蒙的儿子，可能会背叛伊述。朱诺没有听从维奥莱特的警告，说伊利亚会很很高兴能在朱诺的宏伟计划中扮演他的角色。
不久，仆从们发现了阿尔瓦罗的秘密实验室的位置。在这里，圣殿骑士正在对伊述的DNA进行排序，朱诺的追随者们、伊利亚带着他们的人质安德烈.波登潜入了那里。在维奥莱特和扎斯迪普率领的小队抵达后，他们发现阿尔瓦罗正在为他的成功而吹嘘自己是天才，然后他们向这位目瞪口呆的科学家介绍了自己。维奥莱特随即表示，他们是为了“凤凰计划”，为了帮助他们的主人创造一个新的身体而来。
接着，伊利亚被绑在架子上，在没有麻醉的情况下被获取了一些骨髓。第一文明的仆从们和阿尔瓦罗博士以这些骨髓里面的伊利亚的DNA作为样本，利用圣裹布作为覆膜，以指数形式加速胎儿的生长，成功地创造出了朱诺的复制体。与此同时，在另一间锁着的房子里，伊利亚向照顾他的看守“里士满”抱怨说背上因为之前的手术还很疼，他还谈到了如何让一个圣者获得伊述人的记忆和能力。虽后照顾他的人离开了，他偷偷打开了锁着的门，进入到了设施的深处。
最终，维奥莱特的担忧被证明是正确的，伊利亚报复了杀害他母亲的凶手：他把“里士满”骗进了这间房子里，并把门反锁上。在这间封闭的房子里，伊利亚用一个螺丝刀残忍地杀死了“里士满”，之后他帮助夏洛特在西班牙杀死了朱诺。并带着“光之山”逃走了。
“艾塔是风中的鬼魂，你的血脉到此断绝，我发誓。”
Chapter 5. 拾遗
1、阿德里亚诺的遗言和卡特琳娜.斯福尔扎离开艾吉奥.奥迪托雷时说的话都是“Vittoria agli Assassini！”
2、由于主教的身份过于神秘，刺客们多对她的身份有过猜测：盖文.班克斯觉得她是前CIA成员，哈兰.T.坎宁安认为她是一名前博学者。据说只有瑞贝卡知道真相，但主教要她保密。
3、阿泰尔Ⅱ号的登记编号为NCC-1701-D，这是在向星际迷航：下一代致敬。星际迷航：下一代电视剧中的进取号的登记编号USS Enterprise-D。
4、盖文与威廉•迈尔斯相识多年，用他的昵称“比尔”称呼他，而威廉提到盖文时则称他为“老友”。
5、高仓清志徒手格斗技巧十分高超，能轻而易举地放倒盖文.班克斯，他同时精通枪械还是一个剑术大师，总是在执行任务的时候带着自己的佩刀。
6、阿伦德和哈兰的关系灵感来源于蝙蝠侠系列漫画中午夜和阿波罗的关系。
7、在艾吉奥.奥迪托雷客串出场的游戏剑魂V中，肖恩在游戏角色的背景资料中被提及。