Overview
全文剧透、希望帮助已通关的小伙伴顺利理解游戏剧情。文章以前写的，现在一个字都看不懂。
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西蒙一开始惊醒于一场车祸噩梦，其实那不是梦，是真实的记忆片段，他和喜欢的姑娘驾车发生事故，名叫阿什莉的女孩当场死亡，西蒙头部创伤未愈，加上突如其来的精神压力导致间歇性剧烈头痛不欲生。这次意外给西蒙造成了致命打击，生命力逐渐流失，常规治疗手段收效甚微，主治医生抱着医死骆驼的决心将他推荐给文西博士。文西博士本人胆大有野心，又偏是个智商不世出的奇才，手头的脑部研究论文随便抽一篇分分钟能改变人类命运，可恨当时只有理论研究，离产出商业价值遥遥无期。玩家在一开始的隔间所见到处布满灰尘，设备也是相当简陋，博士此时连实验需要的场地设备都只能辗转租用，这是没钱。
文西博士的理论内容已经超越了现有的全部伦理范围，法律方面更是无法可想，这是无德。没钱又无德，想找志愿者来做临床试验当然没戏。他于是把目标锁定在出于各种原因、心理和物理都被摧残得够呛、活着跟死也差不多的这类人，也就是主角。他打着帮西蒙缓解头痛的哈哈，给西蒙做了脑部扫描，将他的大脑完完整整的复制下来，粘贴进硬盘里。这可以看做是西蒙整个人的电子副本，这世界从此诞生了第一个没有肉体存在的灵魂。因为博士就没治疗，一个月后，西蒙果然要死了。博士很假装地道，跟他说了大实话，说你是没救了，可你碰见了我，我是没法起死回生，可我让你永远活下去不成问题。西蒙听见这话，眼前一黑，脑里只剩下月亮星辰大海，狗熊山坡草地。就这样，2015年西蒙去世，并偶然成了人类历史上第一个真正的克隆人。文西博士后来也给自己做了一次扫描，和西蒙的副本一起尘封，等待以后苏醒的机会。21世纪的故事到此完。
剩下的是西蒙克隆副本的故事。因为玩家搞的越糊涂制作组越高兴，这里我也不打算改，还叫西蒙，而不是副西蒙或者西蒙克什么的。但故事进行到这里已经很明白了，其实并没有什么穿越，西蒙是实打实的度过了整个21世纪。
西蒙一觉醒来，发现自己各种不对劲，能读大脑思想，能受电波干扰，赶紧低头一看，自己还哪tm还有身体！玩家开的是上帝视角，西蒙可是经历了一个世纪的断档，还是个人第一反应肯定说妈的我被骗了，大脑被植入机械还是怎么着，博士什么的自然找不到，别的人类也是没有，举目望去遍地只有机器人，遍地可疑胶状液体，遍地领先一个世纪的科技。西蒙对自己的真实存在感到强烈怀疑，此时名为凯瑟琳的女人找上主角，两个人一起踏上寻找方舟之旅。一面凯瑟琳谆谆教导，一面新世界打滚摸爬，西蒙慢慢接受了自己人间失格的事实，以及新人间的新现实。
什么现实呢，22世纪一颗彗星撞上了地球，地表全毁。整个人类社会并不具备移民太空的技术，只相当勉强的在太平洋海底建立了几个基地，由ALPHA到PHI，用途从发电到生活不等，作为人类最后的生存据点。现有的能源只能供应几十年，人类未来一片黑暗。幸好还有凯这种人，胆大有野心，又偏是个智商不世出的奇才，提出了方舟计划，使得人类拥有了以另一种方式生存下去的办法。海底基地的建立、方舟计划的早期实施都是在彗星撞击以前进行的，凯和团队也在那时候筛选出了一批将加入方舟计划作为人类延续的候选者。彗星撞击时，凯已经完成大部分扫描，高层首脑带着方舟和非常少的人一起躲进海底，地表受撞击而失控，地面人类全灭。什么是方舟计划呢？简单说，就是执行之前文西博士的脑部扫描，将一部分人类作为电子副本保存下来，额外构建一个虚拟世界，这些只有思想的人类将和虚拟世界一起被装在一个小箱子里，送往太空，依靠太阳能持续生存下去。当然了，所有一切都成了代码，自己的肉身已不复存在，想想吧，能不能接受这一现实呢？游戏里给了一次小调查。我自己第一次选的，大概是不接受作为没有肉体的人类、不愿意以这种方式生活下去、觉得怪异，觉得害怕，觉得好变态。游戏结尾又给了一次调查的机会让玩家重新选择，我跟你们说真的都是泪我最后一边佩服制作组的巧妙设置一边心意坚决的推翻了之前的全部选项选择做一个快乐工具人。
话休絮烦，当时的科技树虽然尚不能太空移民，做个高级AI还是不在话下，所以人类在建立海底基地的同时，也顺手又写了一个名为WAU的AI，负责人类在海底的生存保障。和所有高智能AI一样，这货按剧本进行下去是一定要叛变人类的了，之后再说。先说这海底基地。因为基地和方舟计划几乎是绑定好的，所以这里已经有建成的卫星发射井。说是发射井，其实发射的卫星连一个人都躺不下，只能勉强装下一个小箱子，箱子里就是整个人类的未来，即方舟。海底的最后这批人负责把卫星发射上去，让everything that has an end has a beginning。不过这里出现了一个问题。设想你当时处于海底，方舟的发射机会只有一次，发射当然也是要把你带走的，但这就意味着你从此告别了有肉体的生活。换你你想不想马上发射？你想不想再作为传统人类，再多赖活几年肉体生活，等快死了再斩断一切变成源代码重新做人？有这些想法的人成了保守派，要求延缓发射方舟。凯说犹豫就会败北，人类的希望全寄托在上面，必须严格执行计划，立刻发射。双方争执不断，在一次暴力冲突中，凯意外身亡。是的，真的凯瑟琳早就死掉了。随着凯的死亡，发射被搁置下来，海底人类打算先活一段时间再说。诸位，那可是100-5000米深的海底，空间小难透气幽闭恐惧症不说，丑陋的深海生物不说，反正你就想象一下。总之，有人开始神智不正常，自杀者越来越多，自杀前还要立下弗莱格说方舟是信仰，自杀是新生，不信你试试。这下可好，试试就试试，从此接二连三自杀事件此起彼伏，领导说这样不行啊，要不咱们先好好活着，先拖会儿，拖一阵子再说。于是整个方舟计划被临时搁置下来。
回来说WAU。WAU的设计初衷只有一个，就是协助将人类的火种保存下去。可你们这各种自杀怎么行啊，你们都死完了我还做什么生存保障啊，你们还要放弃方舟，你们疯了吗。于是WAU想出了先把人弄成半死、靠生命维持系统活下去的办法，这样，一方面你们也不用杀自己了，一方面同等数量的能源还能比原来支持更久，高级AI就是强。这期间经历了生命凝胶的发明、凝胶泄露至海底导致各种生物变异等漫野奇谭且不谈，总之经过这一场大清洗，除了一个名叫sarah的女人（sarah这名字真是人类之母，翻译成夏娃没问题）把自己关起来守着方舟靠维生系统活下去以外，人类彻底灭绝了。她用的维生系统是灌能量维生素的，WAU的那个是灌黑浆的，所以可以说她是最后人类中的最后人。
之后就没什么说的了，西蒙带着凯瑟琳一路穿越海底，从sarah手中接下方舟，将其射入太空，拯救了人类。全剧终。
等、等一下，之前西蒙扫描了以后可是变成了好几个西蒙，那方舟里到底包含了几个副本？发射之后留在基地的两个人要怎么办？进太空的代码人有没有后续计划？那就是SOMA2的故事了ね。